LXL04_017163 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017163

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 142378828-142390621 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6939 bp · LXL04_017163|LXL04_017163|OH1004|cDNA

ATGACTGGAGACGACTCAGGCCAAAACTCGAACCCTTCTTCTGCCGTTGTACAGAATGTACAAGATGCTCCATTCCCTACCGGAGTCACCCTTGATGACAcaaattaccctttgtggtccCAACTAATGGAAATGCGAATCGGTGCACGAAACAAGTCCGGCTTTATTACCGGAAGATCCAAGAAACCCATAGCGAATGAGAAGTTGATCGAAACTTGGTTGATCGACAATAACCGGGTTAAAAGTTGGCTCATTGACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

6939 bp · LXL04_017163|LXL04_017163|OH1004|CDS

ATGACTGGAGACGACTCAGGCCAAAACTCGAACCCTTCTTCTGCCGTTGTACAGAATGTACAAGATGCTCCATTCCCTACCGGAGTCACCCTTGATGACACAAATTACCCTTTGTGGTCCCAACTAATGGAAATGCGAATCGGTGCACGAAACAAGTCCGGCTTTATTACCGGAAGATCCAAGAAACCCATAGCGAATGAGAAGTTGATCGAAACTTGGTTGATCGACAATAACCGGGTTAAAAGTTGGCTCATTGACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2312 aa · LXL04_017163|LXL04_017163|OH1004|PROTEIN

MTGDDSGQNSNPSSAVVQNVQDAPFPTGVTLDDTNYPLWSQLMEMRIGARNKSGFITGRSKKPIANEKLIETWLIDNNRVKSWLIDSMSPPLIRRFILLQTAAEIWEAVGKTFYDGTDETQLFELNRKSFTTRQNGRTLPAYYNELVSIFQDIDTRLTTQEDTVAETVSLSKTLSRLRVHIFLAGLDSEFNQARSEILRKDPPLSLESCYAYIRKDHNQRQTMEDPKQESDSVVHMASRSRPPKGKNSNSKGNIFTCAHC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017163`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017163

位置 Chr03:142378828-142390621 (-)

描述 Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: P92519`	未表征的线粒体蛋白AtMg00810。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017163 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.457

排名 1 · LXL04_017163 · OH-1004

细胞核0.433

排名 2 · LXL04_017163 · OH-1004

线粒体0.066

排名 3 · LXL04_017163 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 4 · LXL04_017163 · OH-1004

质体0.054

排名 5 · LXL04_017163 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14244.13Retrotran_gag_329-63 aa

PF14223.15Retrotran_gag_243-165 aa

PF22936.2Pol_BBD317-385 aa

PF13976.12gag_pre-integrs417-482 aa

PF00665.33rve498-597 aa

PF25597.2SH3_retrovirus675-706 aa

PF07727.20RVT_2870-976 aa

PF07727.20RVT_2989-1068 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017163	`PF14244.13`	Retrotran_gag_3	29	63	3e-07	30.9
LXL04_017163	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	43	165	8.2e-06	26.4
LXL04_017163	`PF22936.2`	Pol_BBD	317	385	2.3e-09	38.1
LXL04_017163	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	417	482	5.6e-13	49.2
LXL04_017163	`PF00665.33`	rve	498	597	3.2e-11	44.1
LXL04_017163	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	675	706	3.7e-06	27.3
LXL04_017163	`PF07727.20`	RVT_2	870	976	8.2e-53	180.2
LXL04_017163	`PF07727.20`	RVT_2	989	1068	8.2e-53	180.2
LXL04_017163	`PF13966.12`	zf-RVT	2128	2211	1.4e-15	58.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	40.617%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	40.464%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P92519`	拟南芥	Uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810	37.097%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情