LXL04_017148 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017148

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 142014256-142018639 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1980 bp · LXL04_017148|LXL04_017148|OH1004|cDNA

ATGATTTTGCTTGAAATGTTATTTGAAGAGAATGATTTTGCTTGCTATGATCTTGCTTGGAATTTTAACATATTCCCGTGCAACACGCGGATATTCAGCTcgtataaaaatataaaaagagcCGCATATTTTTACCCGCAAAGGATTCATATTCCTGGACGCTGTCAGCGCAAAACAAAATCTGTGGCGGTCCTCCTGGCGGACTCATCTTCGTGCTCTCCGCCCTGCACCACCATTTCTGCGAATCTCAAACTCTCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1980 bp · LXL04_017148|LXL04_017148|OH1004|CDS

ATGATTTTGCTTGAAATGTTATTTGAAGAGAATGATTTTGCTTGCTATGATCTTGCTTGGAATTTTAACATATTCCCGTGCAACACGCGGATATTCAGCTCGTATAAAAATATAAAAAGAGCCGCATATTTTTACCCGCAAAGGATTCATATTCCTGGACGCTGTCAGCGCAAAACAAAATCTGTGGCGGTCCTCCTGGCGGACTCATCTTCGTGCTCTCCGCCCTGCACCACCATTTCTGCGAATCTCAAACTCTCCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

659 aa · LXL04_017148|LXL04_017148|OH1004|PROTEIN

MILLEMLFEENDFACYDLAWNFNIFPCNTRIFSSYKNIKRAAYFYPQRIHIPGRCQRKTKSVAVLLADSSSCSPPCTTISANLKLSSSTLAMEASALFSTAFSAPSLHLRSRIVSKSRLHGFPTQKPSFNPLLRSPPATATATNTRRLFLTTTSKPSPFTSLPKPLKPISAASTSVSSVAEPKKTQLQGAKIVPLVVSIAIGLLVRFVVPKPVEVTAQAWQLLSIFVSTIAGLVLSPLPVGAWALLGLTTTIITKTLTFT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017148`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017148

位置 Chr03:142014256-142018639 (-)

描述 Similar to DIT2-1: Dicarboxylate transporter 2.1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g64290`	谷氨酸/苹果酸转位子与 DIT1 参与初级氨同化和光呼吸途径产生的氨的再同化。	The Arabidopsis mutant dct is deficient in the plastidic glutamate/malate translocator DiT2.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01806.x
`At5g64280`	可能参与二羧酸化合物的运输。	暂无已核实直接文献
`At5g12860`	参与初级氨同化及光呼吸途径产生的氨再同化的2-氧代戊二酸/苹果酸转运蛋白，与DIT2-1相关。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017148 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0015729 oxaloacetate transport 生物过程

GO:0015742 alpha-ketoglutarate transport 生物过程

GO:0015743 malate transport 生物过程

GO:0015813 L-glutamate transmembrane transport 生物过程

GO:0019676 ammonia assimilation cycle 生物过程

GO:0071423 malate transmembrane transport 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G12860

ath:AT5G64280

ath:AT5G64290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.961

排名 1 · LXL04_017148 · OH-1004

内质网0.027

排名 2 · LXL04_017148 · OH-1004

线粒体0.027

排名 3 · LXL04_017148 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 4 · LXL04_017148 · OH-1004

过氧化物酶体0.022

排名 5 · LXL04_017148 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00939.26Na_sulph_symp191-658 aa

PF03600.23CitMHS233-599 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017148	`PF00939.26`	Na_sulph_symp	191	658	1.7e-133	446.8
LXL04_017148	`PF03600.23`	CitMHS	233	599	1.9e-14	54.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMF7`	拟南芥	Dicarboxylate transporter 2.1, chloroplastic	73.158%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMF8`	拟南芥	Dicarboxylate transporter 2.2, chloroplastic	64.437%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXV3`	拟南芥	Dicarboxylate transporter 1, chloroplastic	49.689%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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