LXL04_017085 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017085

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 140877838-140881068 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2148 bp · LXL04_017085|LXL04_017085|OH1004|cDNA

ATGTCCGCCAACGCCAGTGATTGCAATCAACCCTCGACCTCCTCTTCCACAGATGGTTCACAACCATGTCGCCGGTTTGAATTTACCGAGATTCTCTCAGCGACCGACAACTTTAACGAATCATTAGTAGTTGGGCATGGAGGATTTGGAAAAGTTTACAAAGGTAAAATTCTCAATGGATCCACTCTTATTGTTGCCGCCATCAAACGATTGGATTCGATGTCCAATCAAGGGGAAGAAGAGTTCCGGGCGGAAGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2148 bp · LXL04_017085|LXL04_017085|OH1004|CDS

ATGTCCGCCAACGCCAGTGATTGCAATCAACCCTCGACCTCCTCTTCCACAGATGGTTCACAACCATGTCGCCGGTTTGAATTTACCGAGATTCTCTCAGCGACCGACAACTTTAACGAATCATTAGTAGTTGGGCATGGAGGATTTGGAAAAGTTTACAAAGGTAAAATTCTCAATGGATCCACTCTTATTGTTGCCGCCATCAAACGATTGGATTCGATGTCCAATCAAGGGGAAGAAGAGTTCCGGGCGGAAGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

715 aa · LXL04_017085|LXL04_017085|OH1004|PROTEIN

MSANASDCNQPSTSSSTDGSQPCRRFEFTEILSATDNFNESLVVGHGGFGKVYKGKILNGSTLIVAAIKRLDSMSNQGEEEFRAEVEMLSKLRHSHLVSLFGYCNYETEKILLYEYMPNGTLEDHLHKLGTRLSWVQRLKICIGAARGLDYLHTGTGIETGVIHRDVKTSNILLHESWAAKISDFGLSRIAPTNQQSTYVNTLVKGTFGYFDPNYFATGRLTRKSDVYAFRVVLFEVLCRKRAVDKSLDDEQWGLVSWAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017085`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017085

位置 Chr03:140877838-140881068 (+)

描述 Similar to BAK1: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33430`	双特异性激酶作用于含丝氨酸/苏氨酸和含酪氨酸的底物。	The BRI1-associated kinase 1, BAK1, has a brassinolide-independent role in plant cell-death control.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.05.046 BAK1 and BKK1 regulate brassinosteroid-dependent growth and brassinosteroid-independent cell-death pathways.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.05.036 Arabidopsis SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR KINASE proteins serve brassinosteroid-dependent and -independent signaling pathways.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123216 Tyrosine phosphorylation of the BRI1 receptor kinase emerges as a component of brassinosteroid signaling in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0810249106 Phosphorylation of receptor-like cytoplasmic kinases by bacterial flagellin.2010 · DOI: 10.4161/psb.11500 The Arabidopsis leucine-rich repeat receptor-like kinases BAK1/SERK3 and BKK1/SERK4 are required for innate immunity to hemibiotrophic and biotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.084301 Structure of the pseudokinase domain of BIR2, a regulator of BAK1-mediated immune signaling in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.jsb.2014.02.005 Phytosulfokine Regulates Growth in Arabidopsis through a Response Module at the Plasma Membrane That Includes CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED CHANNEL17, H+-ATPase, and BAK1.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00306 An RLP23-SOBIR1-BAK1 complex mediates NLP-triggered immunity.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.140 The SCOOP12 peptide regulates defense response and root elongation in Arabidopsis thaliana.2019 · DOI: 10.1093/jxb/ery454 The Arabidopsis MIK2 receptor elicits immunity by sensing a conserved signature from phytocytokines and microbes.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-25580-w
`At2g13790`	双特异性激酶作用于含丝氨酸/苏氨酸和含酪氨酸的底物。	BAK1 and BKK1 regulate brassinosteroid-dependent growth and brassinosteroid-independent cell-death pathways.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.05.036 Arabidopsis SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR KINASE proteins serve brassinosteroid-dependent and -independent signaling pathways.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123216 The Arabidopsis MIK2 receptor elicits immunity by sensing a conserved signature from phytocytokines and microbes.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-25580-w
`At1g34210`	参与油菜素甾醇依赖和非依赖信号通路的丝氨酸/苏氨酸激酶。	Arabidopsis SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR KINASE proteins serve brassinosteroid-dependent and -independent signaling pathways.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123216

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8BB68`	参与防御反应的 LRR 受体激酶。	暂无已核实直接文献
`Os08g0174700`	LRR 受体激酶参与防御反应。	Engineering OsBAK1 gene as a molecular tool to improve rice architecture for high yield.2009 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2009.00444.x A subset of OsSERK genes, including OsBAK1, affects normal growth and leaf development of rice.2011 · DOI: 10.1007/s10059-011-0178-4

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33430

dosa:Os08g0174700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.709

排名 1 · LXL04_017085 · OH-1004

细胞质0.238

排名 2 · LXL04_017085 · OH-1004

细胞核0.201

排名 3 · LXL04_017085 · OH-1004

内质网0.038

排名 4 · LXL04_017085 · OH-1004

高尔基体0.028

排名 5 · LXL04_017085 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase42-314 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr43-313 aa

PF00069.32Pkinase399-667 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr401-669 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017085	`PF00069.32`	Pkinase	42	314	2e-78	264.1
LXL04_017085	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	43	313	1.4e-83	280.9
LXL04_017085	`PF00069.32`	Pkinase	399	667	2e-78	264.1
LXL04_017085	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	401	669	1.4e-83	280.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94F62`	拟南芥	BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1	68.536%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SKG5`	拟南芥	Somatic embryogenesis receptor kinase 4	66.049%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9XIC7`	拟南芥	Somatic embryogenesis receptor kinase 2	66.978%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8BB68`	水稻	LRR receptor kinase BAK1	67.183%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z4U4`	水稻	LRR receptor kinase BAK1	67.183%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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