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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_016795
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 133914289-133917111 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1614 bp · LXL04_016795|LXL04_016795|OH1004|cDNA

ATGGTACTCAAGCGAGCTTCAAGTGTGGGGGAACGAGAAGGTTTTCCTGTCGCTAATCGAGAAGCCAAGCGAAGGATTACATCTTCAAACTTTGCTCAAAATCTGCTATGTGGCGGACTTTCATCGCAAGAGGTAGCGTTGGCACTGGAACCATTACTTCGACGATGTGTGAGAGATGAAGTTCAGCATTCATTACAAAGGTTCTTTTGTACATTACCGAGATCGCCTCTAGATGTAACTGAACCGAGTAGGAAGACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · LXL04_016795|LXL04_016795|OH1004|CDS

ATGGTACTCAAGCGAGCTTCAAGTGTGGGGGAACGAGAAGGTTTTCCTGTCGCTAATCGAGAAGCCAAGCGAAGGATTACATCTTCAAACTTTGCTCAAAATCTGCTATGTGGCGGACTTTCATCGCAAGAGGTAGCGTTGGCACTGGAACCATTACTTCGACGATGTGTGAGAGATGAAGTTCAGCATTCATTACAAAGGTTCTTTTGTACATTACCGAGATCGCCTCTAGATGTAACTGAACCGAGTAGGAAGACCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

537 aa · LXL04_016795|LXL04_016795|OH1004|PROTEIN

MVLKRASSVGEREGFPVANREAKRRITSSNFAQNLLCGGLSSQEVALALEPLLRRCVRDEVQHSLQRFFCTLPRSPLDVTEPSRKTSLQLRFIGNLPNTFFTGTRIESEDDTALKLVLIDVNTNKIVSSGPLSSLKIELVPLDGDFCSDEEQNWSEKDFDSKIVCARDGRRPLITGNLVVTLVNGVADVGELCFTDNSSWRRSRKFMIGARAKDASGRVGVREGRSQAFVVKDHRGESYKKHHPPCLDDEIWRLEKIAKD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_016795
TK1151 IDTkA02G102100
OH-1004 IDLXL04_016795
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 61.639
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_016795
位置Chr03:133914289-133917111 (+)
描述Similar to CBP60G: Calmodulin-binding protein 60 G
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g26920 转录激活因子，可以序列特异性方式结合DNA，序列为5'-GAAATTTTGG-3'，促进目标基因的表达。
Arabidopsis CaM binding protein CBP60g contributes to MAMP-induced SA accumulation and is involved in disease resistance against Pseudomonas syringae.2009 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1000301
CBP60g and SARD1 play partially redundant critical roles in salicylic acid signaling.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04655.x
Calmodulin-binding protein CBP60g is a positive regulator of both disease resistance and drought tolerance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s00299-012-1247-7
Co-expression analysis identifies putative targets for CBP60g and SARD1 regulation.2012 · DOI: 10.1186/1471-2229-12-216
The plant-specific transcription factors CBP60g and SARD1 are targeted by a Verticillium secretory protein VdSCP41 to modulate immunity.2018 · DOI: 10.7554/elife.34902
At4g25800 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献
At5g57580 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献
At2g18750 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016795 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009620 response to fungus 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0009697 salicylic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010112 regulation of systemic acquired resistance 生物过程
GO:0010224 response to UV-B 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18750
ath:AT4G25800
ath:AT5G26920
ath:AT5G57580
ghi:107899061
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.969
排名 1 · LXL04_016795 · OH-1004
细胞质0.087
排名 2 · LXL04_016795 · OH-1004
细胞膜0.028
排名 3 · LXL04_016795 · OH-1004
内质网0.017
排名 4 · LXL04_016795 · OH-1004
质体0.014
排名 5 · LXL04_016795 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07887.17Calmodulin_bind88-234 aa
PF20451.4Calmod_bind_M247-311 aa
PF20452.4Calmod_bind_C317-367 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_016795PF07887.17Calmodulin_bind882342.7e-51174.3
LXL04_016795PF20451.4Calmod_bind_M2473118.3e-2897.5
LXL04_016795PF20452.4Calmod_bind_C3173671.8e-0938.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4K2R6拟南芥Calmodulin-binding protein 60 G44.633%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0WVV6拟南芥Calmodulin-binding protein 60 D41.379%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FKL6拟南芥Calmodulin-binding protein 60 B40.909%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0SV51拟南芥Calmodulin-binding protein 60 C41.019%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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