LXL04_016745 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016745

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 132610805-132614605 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2462 bp · LXL04_016745|LXL04_016745|OH1004|cDNA

AACATCCGGTCTCTTTTCCATTATCACTACACCAACATCACCGAGCAATCCATTTGAAAATGAACGAAACCCTAGTTACGTCATCTGAACCACCACCATCAGACGGGGATCCAATGGATGTTGTAACCGAAGCTCATAACCCTAATGAGAACCAGTCTGCCTCAAGTTCCGATTCCGACTCGGAGTCGGATGACGAAGCTCAAGTTGCACTCGAATTACAAAACCTAGAAACGGAGCTCGCCACAAACCCAGCCAACTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2409 bp · LXL04_016745|LXL04_016745|OH1004|CDS

TTGAAAATGAACGAAACCCTAGTTACGTCATCTGAACCACCACCATCAGACGGGGATCCAATGGATGTTGTAACCGAAGCTCATAACCCTAATGAGAACCAGTCTGCCTCAAGTTCCGATTCCGACTCGGAGTCGGATGACGAAGCTCAAGTTGCACTCGAATTACAAAACCTAGAAACGGAGCTCGCCACAAACCCAGCCAACTACGATGCTCATGTTCAATATATAACGGCTCTGAGGAAGCAAGGGGATCTGGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

802 aa · LXL04_016745|LXL04_016745|OH1004|PROTEIN

MKMNETLVTSSEPPPSDGDPMDVVTEAHNPNENQSASSSDSDSESDDEAQVALELQNLETELATNPANYDAHVQYITALRKQGDLDKLRLAREVMSELFPLTPAMWQQWGNDEISLISSSAHEGAIPAIEKLYERGVSDYTSVPLWLDYLNFLQKYDSSVSECSPSGISKARDLFERALTACGLHIAEGSKLWESYRSYEERILNTMDKTDSELREKQTQKIRSIFHRQLSIPHLDLKSTLLTYKAWESHHGNNLDVSPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016745`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_016745`
位置	Chr03:132610805-132614605 (-)
描述	Similar to sart3: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_016745` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程 GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程 GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0048872 homeostasis of number of cells 生物过程 GO:0051252 regulation of RNA metabolic process 生物过程 GO:0061484 hematopoietic stem cell homeostasis 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_B0035.12 hsa:9733 mmu:53890 pon:100171719 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.868

排名 1 · LXL04_016745 · OH-1004

细胞质0.200

排名 2 · LXL04_016745 · OH-1004

线粒体0.026

排名 3 · LXL04_016745 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 4 · LXL04_016745 · OH-1004

高尔基体0.015

排名 5 · LXL04_016745 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05843.21Suf55-559 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N58-244 aa

PF23233.2HAT_Syf1_CNRKL1_N59-203 aa

PF23241.2HAT_PRP39_C277-356 aa

PF23233.2HAT_Syf1_CNRKL1_N277-389 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N297-404 aa

PF00076.29RRM_1662-721 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016745	`PF05843.21`	Suf	55	559	2.1e-29	103.2
LXL04_016745	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	58	244	1.4e-34	120.3
LXL04_016745	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	59	203	6.7e-21	75.4
LXL04_016745	`PF23241.2`	HAT_PRP39_C	277	356	9.6e-23	81.5
LXL04_016745	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	277	389	6.7e-21	75.4
LXL04_016745	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	297	404	1.4e-34	120.3
LXL04_016745	`PF00076.29`	RRM_1	662	721	2.6e-10	40.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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