LXL04_016547 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016547

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 126556757-126559058 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1446 bp · LXL04_016547|LXL04_016547|OH1004|cDNA

ATGTCGGAAGATACTGCTTCATTGATAGCCAAGGCGGATTCCGATGGTGGTAGAAATGGTAGTTGTCGGTGGTGGAAGAAATTATTGGATTGGGAAGAGGCTAAATTCCAGATCTTATTTTCTCTCCCTATGATACTAACAAATGTTGCATACTATTGCATACCATTAGTATCCGTCATGTTCGCCGGCCACCTCGGAGAAGCTGAGCTCGCCGCCTCTAACCTTGCAAACTCCTGGGCCACCGTCACCGGACTCTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1446 bp · LXL04_016547|LXL04_016547|OH1004|CDS

ATGTCGGAAGATACTGCTTCATTGATAGCCAAGGCGGATTCCGATGGTGGTAGAAATGGTAGTTGTCGGTGGTGGAAGAAATTATTGGATTGGGAAGAGGCTAAATTCCAGATCTTATTTTCTCTCCCTATGATACTAACAAATGTTGCATACTATTGCATACCATTAGTATCCGTCATGTTCGCCGGCCACCTCGGAGAAGCTGAGCTCGCCGCCTCTAACCTTGCAAACTCCTGGGCCACCGTCACCGGACTCTCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

481 aa · LXL04_016547|LXL04_016547|OH1004|PROTEIN

MSEDTASLIAKADSDGGRNGSCRWWKKLLDWEEAKFQILFSLPMILTNVAYYCIPLVSVMFAGHLGEAELAASNLANSWATVTGLSFMVGLSGALETLCGQGFGAKIYRMLGIYLQTSCLISIFFSILISILWFFTEPILILLQQDPQISKLAALYIKYLIPGLFAYGLLNNILRFLQTQSIVAPLVICSLVPFILHIGITFVLVRFTSLSFIGAPIAVSISLWIALIMLGGYVLFNDKFKETWQGFSIESFQHVFTGLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016547`
TK1151 ID	TkA02G125320
OH-1004 ID	LXL04_016547
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016547

位置 Chr03:126556757-126559058 (+)

描述 Similar to DTX18: Protein DETOXIFICATION 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23550`	蛋白DETOXIFICATION 18。	暂无已核实直接文献
`At3g23560`	保护根部免受抑制性化合物侵害所需。	Arabidopsis ALF5, a multidrug efflux transporter gene family member, confers resistance to toxins.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010035
`At5g52450`	蛋白 DETOXIFICATION 16。	暂无已核实直接文献
`At2g34360`	蛋白质 DETOXIFICATION 15。	暂无已核实直接文献
`At1g73700`	蛋白质解毒 17。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016547 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009636 response to toxic substance 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:1990961 xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015297 antiporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73700

ath:AT2G34360

ath:AT3G23550

ath:AT3G23560

ath:AT5G52450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.380

排名 1 · LXL04_016547 · OH-1004

细胞膜0.352

排名 2 · LXL04_016547 · OH-1004

内质网0.109

排名 3 · LXL04_016547 · OH-1004

细胞质0.087

排名 4 · LXL04_016547 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 5 · LXL04_016547 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01554.24MatE43-202 aa

PF01554.24MatE264-425 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016547	`PF01554.24`	MatE	43	202	1e-59	201.6
LXL04_016547	`PF01554.24`	MatE	264	425	1e-59	201.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUH3`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 18	65.859%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUH2`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 19	64.565%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FHB6`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 16	44.921%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IHU9`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 15	43.694%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9U1`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 17	43.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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