LXL04_016432 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016432

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 123207563-123208656 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

714 bp · LXL04_016432|LXL04_016432|OH1004|cDNA

ATGAAGAGGTGTGAGTTGTGCAGCCATTTTGCCCGGATGTACTGTGAATCAGATAACGCAAGCCTGTGTTACGACTGCGATCAAAACATTCACTCGGCCAATTTTCTAGTAGCCAAACACTCCCGAACCCTCCTCTGCCATAAATGTCAATCTCCGACTCCCTGGAGCGCTTCCGGGCTTAATCTCGGTCGCACCGCCTCCGTTTGTGTTAACTGTCTTGACGAAAATCCATCTCAACGGCGAGTGTTGCAGGAAGGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

714 bp · LXL04_016432|LXL04_016432|OH1004|CDS

ATGAAGAGGTGTGAGTTGTGCAGCCATTTTGCCCGGATGTACTGTGAATCAGATAACGCAAGCCTGTGTTACGACTGCGATCAAAACATTCACTCGGCCAATTTTCTAGTAGCCAAACACTCCCGAACCCTCCTCTGCCATAAATGTCAATCTCCGACTCCCTGGAGCGCTTCCGGGCTTAATCTCGGTCGCACCGCCTCCGTTTGTGTTAACTGTCTTGACGAAAATCCATCTCAACGGCGAGTGTTGCAGGAAGGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

237 aa · LXL04_016432|LXL04_016432|OH1004|PROTEIN

MKRCELCSHFARMYCESDNASLCYDCDQNIHSANFLVAKHSRTLLCHKCQSPTPWSASGLNLGRTASVCVNCLDENPSQRRVLQEGEISHRGNDVVEENCAVDDEEEDGDTDDDETESSDESEDEDSDVDEDAENQVVPLSSVASLPATGSSSSEEVSSSRISSDGFRSASKRERLDLSIDSEDDTLCSSERSNRKRRTESFAGNDENSGYGWLVNFSHCLVCTVKKEATAHGSWMM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016432`
TK1151 ID	TkA02G142810
OH-1004 ID	LXL04_016432
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.694 / OH-1004 84.388 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016432

位置 Chr03:123207563-123208656 (+)

描述 Similar to MIP1B: B-box domain protein 31

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15250`	推定锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 11。	暂无已核实直接文献
`At3g21890`	发育调控因子，通过形成异源二聚体复合物，将CO和CO样（COL）蛋白捕获到非功能性复合物中。	MicroProtein-Mediated Recruitment of CONSTANS into a TOPLESS Trimeric Complex Represses Flowering in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005959
`At4g15248`	发育调控因子，通过形成异源二聚体复合物，将CO和CO样（COL）蛋白捕获到非功能性复合物中。	MicroProtein-Mediated Recruitment of CONSTANS into a TOPLESS Trimeric Complex Represses Flowering in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005959
`At3g21150`	光介导的幼苗发育调控抑制因子。	BBX32, an Arabidopsis B-Box protein, functions in light signaling by suppressing HY5-regulated gene expression and interacting with STH2/BBX21.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.177139
`At5g48250`	锌指蛋白CONSTANS-LIKE 10。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016432 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21150

ath:AT3G21890

ath:AT4G15248

ath:AT4G15250

ath:AT5G48250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.734

排名 1 · LXL04_016432 · OH-1004

细胞质0.298

排名 2 · LXL04_016432 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 3 · LXL04_016432 · OH-1004

内质网0.036

排名 4 · LXL04_016432 · OH-1004

线粒体0.033

排名 5 · LXL04_016432 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23379`	拟南芥	Putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11	44.156%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LRM4`	拟南芥	B-box domain protein 31	50.980%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1G3I2`	拟南芥	B-box domain protein 30	45.763%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LJB7`	拟南芥	B-box zinc finger protein 32	46.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUA9`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 10	51.020%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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