LXL04_016385 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016385

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 120959945-120974281 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

9162 bp · LXL04_016385|LXL04_016385|OH1004|cDNA

ATGTCTCCTCCTCCTAGTATTGCTCATCAACCAGGTGAAGTTTGCCGGCTTCGAAAGGCTCTATATGGTCTCAAACAAGCCCCTCGTGCTTGGTTTGAGAAGTTTTCTACAGTGATTACTTCGCTTGGATTTCGAGCAAGTAATCATGATTCGGCTCTATTTGTTCGGTGTACGAGTGCAGGACGGATTATTCTTTccttatatgttgatgatatgattattactGGTGATGATCATGATGGTATAGAGTCTTTAAAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

9162 bp · LXL04_016385|LXL04_016385|OH1004|CDS

ATGTCTCCTCCTCCTAGTATTGCTCATCAACCAGGTGAAGTTTGCCGGCTTCGAAAGGCTCTATATGGTCTCAAACAAGCCCCTCGTGCTTGGTTTGAGAAGTTTTCTACAGTGATTACTTCGCTTGGATTTCGAGCAAGTAATCATGATTCGGCTCTATTTGTTCGGTGTACGAGTGCAGGACGGATTATTCTTTCCTTATATGTTGATGATATGATTATTACTGGTGATGATCATGATGGTATAGAGTCTTTAAAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3053 aa · LXL04_016385|LXL04_016385|OH1004|PROTEIN

MSPPPSIAHQPGEVCRLRKALYGLKQAPRAWFEKFSTVITSLGFRASNHDSALFVRCTSAGRIILSLYVDDMIITGDDHDGIESLKRDLAIRFAMKDLGLLRYFLGIEVAHSPKGYLLSQTKYISDLFERARLTDNRTTDTPIESNAKYSPTDGVPLSDPSLYRTIVGSLVYLTVIRPDIAHADHVVSQFVTAPSSVHWGAVLRILRYLRGTQFRTLAFPSTSSLELRVYSDANWDIDIYDRKSTAGYCVFLMDSLISWK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016385`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016385

位置 Chr03:120959945-120974281 (-)

描述 Similar to KIN14N: Kinesin-like protein KIN-14N

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54670`	类驱动蛋白KIN-14N。	暂无已核实直接文献
`At4g27180`	类动力蛋白 KIN-14M。	暂无已核实直接文献
`At4g21270`	驱动蛋白，以 ATP 依赖性方式支持微管运动，并具有负端定向极性。	The Arabidopsis ATK1 gene is required for spindle morphogenesis in male meiosis.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.10.2401 Arabidopsis thaliana protein, ATK1, is a minus-end directed kinesin that exhibits non-processive movement.2002 · DOI: 10.1002/cm.10045
`At4g05190`	驱动蛋白，以 ATP 依赖性方式支持微管运动，并充当负端定向马达和正端跟踪蛋白。	A minus-end-directed kinesin with plus-end tracking protein activity is involved in spindle morphogenesis.2005 · DOI: 10.1091/mbc.e04-10-0935 The kinesin ATK5 functions in early spindle assembly in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047613

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0105700`	类驱动蛋白KIN-14N。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016385 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0009971 anastral spindle assembly involved in male meiosis 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005871 kinesin complex 细胞组分

GO:0005872 minus-end kinesin complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05190

ath:AT4G21270

ath:AT4G27180

ath:AT5G54670

dosa:Os07g0105700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.667

排名 1 · LXL04_016385 · OH-1004

细胞核0.299

排名 2 · LXL04_016385 · OH-1004

线粒体0.112

排名 3 · LXL04_016385 · OH-1004

细胞膜0.074

排名 4 · LXL04_016385 · OH-1004

内质网0.045

排名 5 · LXL04_016385 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07727.20RVT_23-144 aa

PF16796.12Microtub_bd761-924 aa

PF00225.30Kinesin784-1095 aa

PF09353.16DUF19951130-1363 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid1611-1680 aa

PF00078.33RVT_12141-2198 aa

PF00078.33RVT_12195-2263 aa

PF17917.8RT_RNaseH2351-2435 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016385	`PF07727.20`	RVT_2	3	144	1.1e-40	140.5
LXL04_016385	`PF16796.12`	Microtub_bd	761	924	2.3e-52	177.7
LXL04_016385	`PF00225.30`	Kinesin	784	1095	5.3e-104	348.5
LXL04_016385	`PF09353.16`	DUF1995	1130	1363	1.1e-38	133.9
LXL04_016385	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	1611	1680	1.6e-06	29.1
LXL04_016385	`PF00078.33`	RVT_1	2141	2198	2.7e-17	64.1
LXL04_016385	`PF00078.33`	RVT_1	2195	2263	2.7e-17	64.1
LXL04_016385	`PF17917.8`	RT_RNaseH	2351	2435	2.9e-16	60.2
LXL04_016385	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	2351	2406	5.5e-10	39.9
LXL04_016385	`PF13456.13`	RVT_3	2488	2605	2.8e-18	66.7
LXL04_016385	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	2697	2751	1.2e-09	38.9
LXL04_016385	`PF00665.33`	rve	2773	2866	1.1e-13	52.0
LXL04_016385	`PF29688.1`	TnsB_C	2828	2886	3.4e-06	27.6
LXL04_016385	`PF31073.1`	DUF8803	2990	3052	5.3e-24	84.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P46875`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14N	59.605%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P46864`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14M	61.396%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q07970`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14C	59.147%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JGP4`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14D	58.184%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A3BFT0`	水稻	Kinesin-like protein KIN-14N	57.787%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情