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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_016363
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 120357258-120358317 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

765 bp · LXL04_016363|LXL04_016363|OH1004|cDNA

AtgggaggaggaggaggaggaggagggcGGTCCCCGTGCTGTGACAAGAATAAGGTGAAGAAAGGGCCGTGGAGTCCGGTGGAGGACGTTAGGCTCGTCTCCTTCATTCAGAAACATGGTCATTCTAATTGGCGTTCTCTCCCTAAAGAAGCTGGTTTGCTAAGGTGTGGAAAGAGCTGCCGCCTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGACCTCAAAAGAGGCAATTTTACTCCCCTAGAAGAGCATTCCATAATTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

765 bp · LXL04_016363|LXL04_016363|OH1004|CDS

ATGGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGCGGTCCCCGTGCTGTGACAAGAATAAGGTGAAGAAAGGGCCGTGGAGTCCGGTGGAGGACGTTAGGCTCGTCTCCTTCATTCAGAAACATGGTCATTCTAATTGGCGTTCTCTCCCTAAAGAAGCTGGTTTGCTAAGGTGTGGAAAGAGCTGCCGCCTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGACCTCAAAAGAGGCAATTTTACTCCCCTAGAAGAGCATTCCATAATTCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

254 aa · LXL04_016363|LXL04_016363|OH1004|PROTEIN

MGGGGGGGGRSPCCDKNKVKKGPWSPVEDVRLVSFIQKHGHSNWRSLPKEAGLLRCGKSCRLRWINYLRPDLKRGNFTPLEEHSIIRLHATFGNKWSKIASKLPGRTDNEIKNVWNTHLRKRSILMNKNESFLGTNQPHKGIDGEETAGDTLVDHPSTSSSTVSCNTHDEVDLEIPEFELWNMLADIELPYSKPIADHDPNGSMDIDHRVRLLEEELGLVDATPAVVDDNSEMWCKISDDISPLWSPSPQNFGF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_016363
TK1151 IDTkA02G150360
OH-1004 IDLXL04_016363
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)92.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.633 / OH-1004 90.157
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_016363
位置Chr03:120357258-120358317 (+)
描述Similar to MYB63: Transcription factor MYB63
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g79180 转录激活因子，结合 DNA 上的 AC 顺式元件 5'-ACCTACC-3'、5'-ACCAACC-3' 和 5'-ACCTAAC-3' 的启动子，并在 SND1 介导的次级细胞壁形成过程中特异性激活木质素生物合成基因。
MYB58 and MYB63 are transcriptional activators of the lignin biosynthetic pathway during secondary cell wall formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063321
At1g16490 转录激活因子，结合 DNA 上的 AC 顺式元件 5'-ACCTACC-3'、5'-ACCAACC-3' 和 5'-ACCTAAC-3' 的启动子，并在 SND1 介导的次级细胞壁形成过程中特异性激活木质素生物合成基因。
MYB58 and MYB63 are transcriptional activators of the lignin biosynthetic pathway during secondary cell wall formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063321
At1g56160 参与金属离子稳态，包括通过调节NAS4和NAS2基因表达获得铁离子（Fe）。
Expression differences for genes involved in lignin, glutathione and sulphate metabolism in response to cadmium in Arabidopsis thaliana and the related Zn/Cd-hyperaccumulator Thlaspi caerulescens.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2007.01764.x
MYB72 is required in early signaling steps of rhizobacteria-induced systemic resistance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.113829
MYB72, a node of convergence in induced systemic resistance triggered by a fungal and a bacterial beneficial microbe.2009 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2008.00162.x
β-Glucosidase BGLU42 is a MYB72-dependent key regulator of rhizobacteria-induced systemic resistance and modulates iron deficiency responses in Arabidopsis roots.2014 · DOI: 10.1111/nph.12980
At2g31180 转录激活剂，通过影响 CBF 基因的表达来调节耐冻性。
AtMYB14 Regulates Cold Tolerance in Arabidopsis. 2013 · DOI: 10.1007/s11105-012-0481-z

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016363 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程
GO:0009866 induced systemic resistance, ethylene mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010043 response to zinc ion 生物过程
GO:0010447 response to acidic pH 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0019748 secondary metabolic process 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G16490
ath:AT1G56160
ath:AT1G79180
ath:AT2G31180
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967
排名 1 · LXL04_016363 · OH-1004
细胞质0.094
排名 2 · LXL04_016363 · OH-1004
细胞膜0.025
排名 3 · LXL04_016363 · OH-1004
内质网0.013
排名 4 · LXL04_016363 · OH-1004
质体0.012
排名 5 · LXL04_016363 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding21-68 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_624-83 aa
PF00249.38Myb_DNA-binding74-119 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_677-121 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_016363PF00249.38Myb_DNA-binding21682.7e-34117.7
LXL04_016363PF13921.13Myb_DNA-bind_624831e-1867.9
LXL04_016363PF00249.38Myb_DNA-binding741192.7e-34117.7
LXL04_016363PF13921.13Myb_DNA-bind_6771211e-1867.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6R0A6拟南芥Transcription factor MYB6380.172%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SA47拟南芥Transcription factor MYB5879.310%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SGU3拟南芥Transcription factor MYB7281.034%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SJX8拟南芥Transcription factor MYB1459.509%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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