LXL04_016201 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016201

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 115011535-115018210 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3681 bp · LXL04_016201|LXL04_016201|OH1004|cDNA

ATGTCTGCTTCGCGCAGACCACGCGCAGACCTAAGGGGTTGCAGCGTGTTTGTTTTTTTGAAGTGTGAAGAGGTTTTTACCTCTGCCCGCGGTCTTCTTGGGACAGACCTGGTTCATTGTCTTCAAACCTCTTCTAATTTCAACCTAATAACATTTTGCGATTCAACGGCCGCTCTCCTCCATCGCGATTCAACACCCGTCGTCTTCAGCATCGAACGTCACCTGTCTTCAGCTCCGATCGTCGCCATCTTCAGCACCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3681 bp · LXL04_016201|LXL04_016201|OH1004|CDS

ATGTCTGCTTCGCGCAGACCACGCGCAGACCTAAGGGGTTGCAGCGTGTTTGTTTTTTTGAAGTGTGAAGAGGTTTTTACCTCTGCCCGCGGTCTTCTTGGGACAGACCTGGTTCATTGTCTTCAAACCTCTTCTAATTTCAACCTAATAACATTTTGCGATTCAACGGCCGCTCTCCTCCATCGCGATTCAACACCCGTCGTCTTCAGCATCGAACGTCACCTGTCTTCAGCTCCGATCGTCGCCATCTTCAGCACCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1226 aa · LXL04_016201|LXL04_016201|OH1004|PROTEIN

MSASRRPRADLRGCSVFVFLKCEEVFTSARGLLGTDLVHCLQTSSNFNLITFCDSTAALLHRDSTPVVFSIERHLSSAPIVAIFSTAPLLHTNRRFQATTRSISVPISADFTLFHPISSRRFPPDRRHLQHRSSPPYKPSISSHKDRKRLSLHKDSWNKVGRVLKDNFGVDLAQKQLKNAYDNLKAKYTGWIYLKNKTGNLYNPQTNTFNLTAEEWDEFKKGTSEGSVIENYPTGHNQRYVIIKRRFQHSKQTIHKFFHE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016201`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016201

位置 Chr03:115011535-115018210 (-)

描述 Similar to GDPDL3: Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26690`	参与原代细胞壁组织。	The glycerophosphoryl diester phosphodiesterase-like proteins SHV3 and its homologs play important roles in cell wall organization.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn120
`At5g55480`	参与原代细胞壁组织。	The glycerophosphoryl diester phosphodiesterase-like proteins SHV3 and its homologs play important roles in cell wall organization.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn120
`At1g66970`	在体外水解甘油磷酸甘油、甘油磷酸胆碱和甘油磷酸乙醇胺。	Characterization of the Arabidopsis glycerophosphodiester phosphodiesterase (GDPD) family reveals a role of the plastid-localized AtGDPD1 in maintaining cellular phosphate homeostasis under phosphate starvation.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04538.x
`At1g66980`	非典型受体样激酶，参与抗病性。	Activation of plant immune responses by a gain-of-function mutation in an atypical receptor-like kinase.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.158501
`At3g20520`	甘油磷酸二酯酶 GDPDL5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016201 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006071 glycerol metabolic process 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26690

ath:AT5G55480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.333

排名 1 · LXL04_016201 · OH-1004

细胞膜0.222

排名 2 · LXL04_016201 · OH-1004

细胞质0.149

排名 3 · LXL04_016201 · OH-1004

内质网0.147

排名 4 · LXL04_016201 · OH-1004

溶酶体／液泡0.128

排名 5 · LXL04_016201 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12776.14Myb_DNA-bind_3148-219 aa

PF26138.1DUF8040233-266 aa

PF13359.13DDE_Tnp_4304-464 aa

PF03009.24GDPD842-1132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016201	`PF12776.14`	Myb_DNA-bind_3	148	219	1e-06	30.3
LXL04_016201	`PF26138.1`	DUF8040	233	266	9.1e-07	29.4
LXL04_016201	`PF13359.13`	DDE_Tnp_4	304	464	1.5e-17	64.4
LXL04_016201	`PF03009.24`	GDPD	842	1132	9.8e-30	105.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ11`	拟南芥	Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL3	48.904%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJ62`	拟南芥	Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL4	44.672%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7Y208`	拟南芥	Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL1	47.277%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`D7SFH9`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF NPR1-1 CONSTITUTIVE 4	44.615%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JEQ1`	拟南芥	Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL5	44.045%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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