LXL04_016137 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016137

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 111873389-111875973 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1032 bp · LXL04_016137|LXL04_016137|OH1004|cDNA

ATGAAGACGCTGAATACGAATCCCTTAAAGATGAAGCCCTTGAGCTCCTCCTTGATTTTCTTCAACAGCAATCCTGTACTGAAGTCTTCGATTCTGGATCTAGAGGCTGAACAGCGTGTTATAACCCTGAACTTCAATTATAAACCACATCTCTTAGTTGGGGCAGGCTACCTTGCTTTTGGATTCTTCATTGGTGAACGAAAACCTGGTCACAAGTTTTTTTCAACTAAAGCAGCTGAAGTTACTGCAGTTGTAGATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1032 bp · LXL04_016137|LXL04_016137|OH1004|CDS

ATGAAGACGCTGAATACGAATCCCTTAAAGATGAAGCCCTTGAGCTCCTCCTTGATTTTCTTCAACAGCAATCCTGTACTGAAGTCTTCGATTCTGGATCTAGAGGCTGAACAGCGTGTTATAACCCTGAACTTCAATTATAAACCACATCTCTTAGTTGGGGCAGGCTACCTTGCTTTTGGATTCTTCATTGGTGAACGAAAACCTGGTCACAAGTTTTTTTCAACTAAAGCAGCTGAAGTTACTGCAGTTGTAGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

343 aa · LXL04_016137|LXL04_016137|OH1004|PROTEIN

MKTLNTNPLKMKPLSSSLIFFNSNPVLKSSILDLEAEQRVITLNFNYKPHLLVGAGYLAFGFFIGERKPGHKFFSTKAAEVTAVVDGTGSKKGRSKPPLEIEKLAEIIEDFKMVLVIRNDLKMGKGKIAAQCSHATLGIYKKILHRALKDLNRWEMCEQVKVVVKIESEDDMLVLQNLLTLNVATCYLKMGDCRKSIETCNKVLDANPVHVKALYRRGMAYMEVGDYEEARTDFNKMMTIDKSSEVNAKSALLKLKQIEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016137`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016137

位置 Chr03:111873389-111875973 (-)

描述 Similar to PAS1: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase PASTICCINO1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54010`	PPIases 加速蛋白质折叠。	Very-long-chain fatty acids are involved in polar auxin transport and developmental patterning in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071209 The PASTICCINO genes of Arabidopsis thaliana are involved in the control of cell division and differentiation.1998 · DOI: 10.1242/dev.125.5.909 Mutation in the Arabidopsis PASTICCINO1 gene, which encodes a new FK506-binding protein-like protein, has a dramatic effect on plant development.1998 · DOI: 10.1128/mcb.18.5.3034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0030010 establishment of cell polarity 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54010

bta:516595

dme:Dmel_CG1307

hsa:51651

mmu:217057

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.861

排名 1 · LXL04_016137 · OH-1004

线粒体0.126

排名 2 · LXL04_016137 · OH-1004

细胞核0.039

排名 3 · LXL04_016137 · OH-1004

细胞质0.027

排名 4 · LXL04_016137 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 5 · LXL04_016137 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01981.22PTH2111-194 aa

PF13432.13TPR_16187-236 aa

PF00515.35TPR_1211-241 aa

PF13181.13TPR_8212-242 aa

PF07719.24TPR_2212-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016137	`PF01981.22`	PTH2	111	194	2.2e-22	80.1
LXL04_016137	`PF13432.13`	TPR_16	187	236	6.4e-06	27.2
LXL04_016137	`PF00515.35`	TPR_1	211	241	5.9e-11	42.4
LXL04_016137	`PF13181.13`	TPR_8	212	242	5.1e-09	36.3
LXL04_016137	`PF07719.24`	TPR_2	212	242	1.4e-08	34.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7DMA9`	拟南芥	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase PASTICCINO1	70.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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