LXL04_016133 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016133

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 111790695-111793694 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2097 bp · LXL04_016133|LXL04_016133|OH1004|cDNA

ATGGCGGACACAGAGACGTTTGCCTTTCAAGCGGAGATCAACCAGCTGTTGAGTCTTATCATCAACACCTTTTACAGTAACAAGGAGATCTTTCTCCGTGAGCTTATCAGTAACTCATCCGATGCTCTGGACAAGATTCGCTTTGAGAGCTTGACTGATAAGAGCAAGCTAGATGGCCAGCCGGAGCTTTTTATCCACATTATCCCTGACAAAGCATCCAACACATTGACAATCATTGACAGCGGAGTTGGAATGACTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2097 bp · LXL04_016133|LXL04_016133|OH1004|CDS

ATGGCGGACACAGAGACGTTTGCCTTTCAAGCGGAGATCAACCAGCTGTTGAGTCTTATCATCAACACCTTTTACAGTAACAAGGAGATCTTTCTCCGTGAGCTTATCAGTAACTCATCCGATGCTCTGGACAAGATTCGCTTTGAGAGCTTGACTGATAAGAGCAAGCTAGATGGCCAGCCGGAGCTTTTTATCCACATTATCCCTGACAAAGCATCCAACACATTGACAATCATTGACAGCGGAGTTGGAATGACTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

698 aa · LXL04_016133|LXL04_016133|OH1004|PROTEIN

MADTETFAFQAEINQLLSLIINTFYSNKEIFLRELISNSSDALDKIRFESLTDKSKLDGQPELFIHIIPDKASNTLTIIDSGVGMTKADLVNNLGTIARSGTKEFMEAITAGADVSMIGQFGVGFYSAYLVADKVVVTTKHNDDEQYVWESQAGGSFTVTRDTSGEVLGRGTKMTLYLKEDQLEYLEERRLKDLIKKHSEFISYPISLWVEKTTEKEISDDEDEEEKKDEEGKVEEVDEEKEKEEKKKKTIKEVSHEWSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016133`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016133

位置 Chr03:111790695-111793694 (+)

描述 Similar to HSC80: Heat shock cognate protein 80

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56000`	分子伴侣，稳定展开的蛋白中间体，并作为折叠分子伴侣辅助蛋白在 ATP 依赖方式下的非共价折叠。	暂无已核实直接文献
`At5g56030`	分子伴侣。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0482100`	分子伴侣，促进特定靶蛋白的成熟、结构维护和适当调控，例如涉及细胞周期控制和信号转导。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q07078`	分子伴侣，促进特定靶蛋白的成熟、结构维护和适当调控，例如涉及细胞周期控制和信号转导。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016133 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G56000

ath:AT5G56030

dosa:Os09g0482100

osa:9267802

sly:543903

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.743

排名 1 · LXL04_016133 · OH-1004

细胞核0.280

排名 2 · LXL04_016133 · OH-1004

内质网0.094

排名 3 · LXL04_016133 · OH-1004

细胞膜0.091

排名 4 · LXL04_016133 · OH-1004

细胞外0.060

排名 5 · LXL04_016133 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02518.32HATPase_c29-181 aa

PF13589.13HATPase_c_330-145 aa

PF00183.24HSP90184-681 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016133	`PF02518.32`	HATPase_c	29	181	1e-06	29.8
LXL04_016133	`PF13589.13`	HATPase_c_3	30	145	3.1e-08	34.4
LXL04_016133	`PF00183.24`	HSP90	184	681	4e-239	795.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O03986`	拟南芥	Heat shock protein 90-4	91.143%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P55737`	拟南芥	Heat shock protein 90-2	92.571%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69QQ6`	水稻	Heat shock protein 81-2	89.413%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q07078`	水稻	Heat shock protein 81-3	89.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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