LXL04_015931 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015931

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 98948386-98950722 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2103 bp · LXL04_015931|LXL04_015931|OH1004|cDNA

ATGAGTATGGGCGAGCATAAAGTAGTAGAGGATGCATTTGGGTTTTATAAAGAATACGGCCGGAAAAGTGGTTTTGAGATTAGGAAAGCAACAACAGAGGTATCAAAAACCGGGTTAGGTTATTCCCGAAGGTACATAGTGTGTAATAAGGAAGGGGAGAATAAGAAGAAAACGACATATGATTCGTTGAAAGAACAACGTAATAGACCTAGCCATCGGGTGAAGTGTAAAGCAAGTATTAGATTAAAAGTAGATGGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2103 bp · LXL04_015931|LXL04_015931|OH1004|CDS

ATGAGTATGGGCGAGCATAAAGTAGTAGAGGATGCATTTGGGTTTTATAAAGAATACGGCCGGAAAAGTGGTTTTGAGATTAGGAAAGCAACAACAGAGGTATCAAAAACCGGGTTAGGTTATTCCCGAAGGTACATAGTGTGTAATAAGGAAGGGGAGAATAAGAAGAAAACGACATATGATTCGTTGAAAGAACAACGTAATAGACCTAGCCATCGGGTGAAGTGTAAAGCAAGTATTAGATTAAAAGTAGATGGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

700 aa · LXL04_015931|LXL04_015931|OH1004|PROTEIN

MSMGEHKVVEDAFGFYKEYGRKSGFEIRKATTEVSKTGLGYSRRYIVCNKEGENKKKTTYDSLKEQRNRPSHRVKCKASIRLKVDGSGRWEITHFEEKHTHDFVKPEDAHFLKSNRRLTYQQKQLLHDVSGINIGPVRAFKLMKQSQGGVSEVECKIFKSDFISIVGEGDVDLVIDKLSKKMEYLHDYTFEFCEDSDGVLSGLFWADEESKRNYTAFGQVVGFDATYRTNKYMMVFVPFTGIDNHQKCVTFAAGLLCSES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015931`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015931

位置 Chr03:98948386-98950722 (+)

描述 Similar to FRS5: Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38180`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At1g76320`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At2g27110`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At1g10240`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At1g80010`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	Arabidopsis FHY3/FAR1 gene family and distinct roles of its members in light control of Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052191

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015931 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10240

ath:AT1G76320

ath:AT1G80010

ath:AT2G27110

ath:AT4G38180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.886

排名 1 · LXL04_015931 · OH-1004

细胞质0.157

排名 2 · LXL04_015931 · OH-1004

线粒体0.032

排名 3 · LXL04_015931 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 4 · LXL04_015931 · OH-1004

细胞外0.012

排名 5 · LXL04_015931 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03101.22FAR115-104 aa

PF21056.4ZSWIM1-3_RNaseH-like189-300 aa

PF10551.16MULE220-314 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015931	`PF03101.22`	FAR1	15	104	5.1e-20	72.7
LXL04_015931	`PF21056.4`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	189	300	7.1e-10	39.6
LXL04_015931	`PF10551.16`	MULE	220	314	2.5e-21	76.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZL8`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5	29.550%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NQJ7`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4	27.400%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZVC9`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3	26.958%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SY66`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 11	26.462%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S793`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 8	26.621%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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