LXL04_015884 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015884

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 95038950-95042129 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1011 bp · LXL04_015884|LXL04_015884|OH1004|cDNA

ATGACAGTTGCTCTTGAAATCCAGAGGAAGGCGACCTCGCTGATATCTCGACGAGGATTGGTTGGCGACGGCGACAGCGAGGAGGGTGGTAGCAGTTTGGCGAGGGAAGACGAGGGGCTTTGGCGAGGGGGAGAGCAAATTACTCCCCCTAGCCTTAGTGAAATTGAATTCCCACGAGTTCCTAGCTCAATGGCAATGTGTTTGCAGAGCGATTTGATGTCGGAATATATGGAGGATAACAGGAGGAAGCAGATAATCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1011 bp · LXL04_015884|LXL04_015884|OH1004|CDS

ATGACAGTTGCTCTTGAAATCCAGAGGAAGGCGACCTCGCTGATATCTCGACGAGGATTGGTTGGCGACGGCGACAGCGAGGAGGGTGGTAGCAGTTTGGCGAGGGAAGACGAGGGGCTTTGGCGAGGGGGAGAGCAAATTACTCCCCCTAGCCTTAGTGAAATTGAATTCCCACGAGTTCCTAGCTCAATGGCAATGTGTTTGCAGAGCGATTTGATGTCGGAATATATGGAGGATAACAGGAGGAAGCAGATAATCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

336 aa · LXL04_015884|LXL04_015884|OH1004|PROTEIN

MTVALEIQRKATSLISRRGLVGDGDSEEGGSSLAREDEGLWRGGEQITPPSLSEIEFPRVPSSMAMCLQSDLMSEYMEDNRRKQIIIDQLYFPKCNMILESLSFDRGYYLLVKSIQEGIVAVSIGGPSGSGKSSVISMESIIGCSVISMENYRTGADEGNNLNLIDFDLVVQNLQNLLKGNDILTPVFDFQTRRRTGTKEIKSTSFGVVIVDGTYALHARLRSLLDICVAVVGGVHFSLLSKVEYDIGESCSLDNLIDSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015884`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015884

位置 Chr03:95038950-95042129 (-)

描述 Similar to TTM2: Inorganic pyrophosphatase TTM2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26190`	具有焦磷酸酶活性，对焦磷酸盐的亲和力较强，对 ATP 和 ADP 的亲和力中等，对三聚磷酸盐的亲和力较弱。	Arabidopsis triphosphate tunnel metalloenzyme2 is a negative regulator of the salicylic acid-mediated feedback amplification loop for defense responses.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.248757 Triphosphate Tunnel Metalloenzyme Function in Senescence Highlights a Biological Diversification of This Protein Superfamily.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00700
`At1g73980`	具有焦磷酸酶活性，对焦磷酸盐的亲和力较强，对 ATP 和 ADP 的亲和力中等，对三聚磷酸盐的亲和力较弱。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015884 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010113 negative regulation of systemic acquired resistance 生物过程

GO:0044206 UMP salvage 生物过程

GO:0044211 CTP salvage 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:1900055 regulation of leaf senescence 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1902289 negative regulation of defense response to oomycetes 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26190

ath:AT1G73980

ddi:DDB_G0271146

ddi:DDB_G0283371

hin:HI_0132

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.400

排名 1 · LXL04_015884 · OH-1004

细胞核0.368

排名 2 · LXL04_015884 · OH-1004

细胞膜0.126

排名 3 · LXL04_015884 · OH-1004

质体0.107

排名 4 · LXL04_015884 · OH-1004

内质网0.068

排名 5 · LXL04_015884 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00485.25PRK163-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015884	`PF00485.25`	PRK	163	280	2.7e-11	44.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C664`	拟南芥	Inorganic pyrophosphatase TTM2	32.735%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9B9`	拟南芥	Inorganic pyrophosphatase TTM1	31.660%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情