LXL04_015618 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015618

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 77737119-77739474 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1065 bp · LXL04_015618|LXL04_015618|OH1004|cDNA

ATAGGATGTGATATAATCGTAAATAAAGAAAAAAGGGGTTTCACGGATCATGCAGAAATAATAATTGATGCCATGATTTCCATTGACAGTATGAAAAAGAAATCATCTGTTAAATCATCCAAATTAGGATTAAAGATTGCTTAACGTATGGAACTTTTATCACAAATCCCATTGGGTCAAAAGATGAAGTTCACGAATTTCCAAATAAGGAGACAACAATAGATGATGGGGAACTTGTTTCATATGGAACTGGGTAATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

843 bp · LXL04_015618|LXL04_015618|OH1004|CDS

ATGATGGGGAACTTGTTTCATATGGAACTGGGTAATGCTACTTACAGGTTTAGTTTTACATTGTGTTTTTACTTTGTGGGTTTGACCCTGTTCGATCAAAAGAACTTGAAGAGAAGATATCATCAAGTGGTTAGTGCTTTTGTGAGTAATACATGGAGCCCAAAGTGCACACATGTGGTTCTTGGTGATAATGCATCAGTAATGTCCAAAATAGATTTTGTCTGTTACAAATGGATAGAGTCACTTGCAGACAAACGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

280 aa · LXL04_015618|LXL04_015618|OH1004|PROTEIN

MMGNLFHMELGNATYRFSFTLCFYFVGLTLFDQKNLKRRYHQVVSAFVSNTWSPKCTHVVLGDNASVMSKIDFVCYKWIESLADKRIDTKIPSCGSDDSNLMLEGVCVKIRDTESRDNCLSGHTFLLESTQKYKVKEKLQALLETFGVKALPIEDFIPRSQGFEEDENNHVVHVISVDNSECTRNLTSIPNVTKLNLICATLSGPATWILLFLYRHLMATQSGKSFYNLVPFSQNPYNGRGYKGRKKRNQREVVLDDLFN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015618`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015618

位置 Chr03:77737119-77739474 (-)

描述 Similar to NBS1: Nijmegen breakage syndrome 1 protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02680`	MRN 复合物的组成部分，该复合物在双链断裂（DSB）修复、DNA 重组、端粒完整性维持和减数分裂中起核心作用。	NBS1 is involved in DNA repair and plays a synergistic role with ATM in mediating meiotic homologous recombination in plants.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03220.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0487300`	MRN 复合物的组成部分，该复合物在双链断裂（DSB）修复、DNA 重组、端粒完整性维持和减数分裂中起核心作用。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BHK8`	MRN 复合物的组成部分，该复合物在双链断裂（DSB）修复、DNA 重组、端粒完整性维持和减数分裂中起核心作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015618 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0071479 cellular response to ionizing radiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0030870 Mre11 complex 细胞组分

GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02680

dosa:Os10g0487300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.798

排名 1 · LXL04_015618 · OH-1004

细胞质0.289

排名 2 · LXL04_015618 · OH-1004

线粒体0.041

排名 3 · LXL04_015618 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 4 · LXL04_015618 · OH-1004

内质网0.017

排名 5 · LXL04_015618 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0H8D7`	拟南芥	Nibrin homolog	28.251%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XD82`	水稻	Nibrin homolog	29.439%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8BHK8`	水稻	Nibrin homolog	28.972%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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