LXL04_015225 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015225

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 66360670-66363739 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1263 bp · LXL04_015225|LXL04_015225|OH1004|cDNA

atggGAAACTGCTATCCAAAACCTGTTAATAATCTCTCAAGCACCAATAATTCTACCCCAGCTATTCGCAGTGATGTTAAAAGGAAAGAACCCATGGTCCAAAAACATTCACACACGGCGGCTGAAGATGGCAGTGACACCGGTGGGGCCATTAATGGTTCGGGGGAAACGGTACCACCAAGTGGGAGAATAGTGACACCAAACTTAAAGATGTTCACGTTCGCGGAGCTCCGGAGCGCCACCAGAAACTTCCGGCCGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1263 bp · LXL04_015225|LXL04_015225|OH1004|CDS

ATGGGAAACTGCTATCCAAAACCTGTTAATAATCTCTCAAGCACCAATAATTCTACCCCAGCTATTCGCAGTGATGTTAAAAGGAAAGAACCCATGGTCCAAAAACATTCACACACGGCGGCTGAAGATGGCAGTGACACCGGTGGGGCCATTAATGGTTCGGGGGAAACGGTACCACCAAGTGGGAGAATAGTGACACCAAACTTAAAGATGTTCACGTTCGCGGAGCTCCGGAGCGCCACCAGAAACTTCCGGCCGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

420 aa · LXL04_015225|LXL04_015225|OH1004|PROTEIN

MGNCYPKPVNNLSSTNNSTPAIRSDVKRKEPMVQKHSHTAAEDGSDTGGAINGSGETVPPSGRIVTPNLKMFTFAELRSATRNFRPDTMLGEGGFGRVFKGWVDGVTYAPSKVGIGIAVAVKKSNPDSAQGLKEWQAEVKFLGKFSHPNLVKLIGYCWEDREFLLVYEYMQKGSLENHLFKKGAEPIPWSTRIKIAIGAAQGLAFLHTTEKTVIYRDFKSSNILLDGDFNAKLSDFGLAKLGPANGESHVSTGVVGTYGY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015225`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015225

位置 Chr03:66360670-66363739 (-)

描述 Similar to PIX13: Probable serine/threonine-protein kinase PIX13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17220`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At4g35600`	作为信号转导的空间抑制因子，调节离层细胞的黏附和扩张。	暂无已核实直接文献
`At2g28930`	可能的双功能激酶。	Light-induced stomatal opening is affected by the guard cell protein kinase APK1b.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0097161
`At2g02800`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0110900`	在介导先天免疫的微生物肽聚糖和真菌几丁质信号通路中的 CERK1 下游发挥作用。	OsCERK1 and OsRLCK176 play important roles in peptidoglycan and chitin signaling in rice innate immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12710

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015225 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009838 abscission 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0060862 negative regulation of floral organ abscission 生物过程

GO:1902458 positive regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G02800

ath:AT2G17220

ath:AT2G28930

ath:AT4G35600

dosa:Os05g0110900

osa:4337593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.701

排名 1 · LXL04_015225 · OH-1004

细胞质0.234

排名 2 · LXL04_015225 · OH-1004

细胞核0.230

排名 3 · LXL04_015225 · OH-1004

内质网0.036

排名 4 · LXL04_015225 · OH-1004

高尔基体0.025

排名 5 · LXL04_015225 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr88-363 aa

PF00069.32Pkinase88-361 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015225	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	88	363	1.2e-46	159.8
LXL04_015225	`PF00069.32`	Pkinase	88	361	2.9e-45	155.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SII6`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PIX13	62.426%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P27450`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase CST	55.307%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P46573`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL10	61.489%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49840`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL3	60.714%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q65XV8`	水稻	Receptor-like cytoplasmic kinase 176	59.375%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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