LXL04_015218 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015218

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 66166032-66177467 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3909 bp · LXL04_015218|LXL04_015218|OH1004|cDNA

ATGATGAAGCTCTCTTTGCGGCTATACACGGCGGTTGCTTATTTTCAGGCatgttttttttcttcttttATCTTGTTGTTTGTATCTATTGGGAATGCAGATAGATCTGATAACAGAATACTTTTGACATCCAATGACACACAAAGGGAAAAACACGGTGAAGAATATTGTGCAATGTATGATATATGTGGATCACGTAGTGATGGAAAAGTACTGAATTGCCCTTTTGGTTCTCCATCTATAAAGCCAGATGATTTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3909 bp · LXL04_015218|LXL04_015218|OH1004|CDS

ATGATGAAGCTCTCTTTGCGGCTATACACGGCGGTTGCTTATTTTCAGGCATGTTTTTTTTCTTCTTTTATCTTGTTGTTTGTATCTATTGGGAATGCAGATAGATCTGATAACAGAATACTTTTGACATCCAATGACACACAAAGGGAAAAACACGGTGAAGAATATTGTGCAATGTATGATATATGTGGATCACGTAGTGATGGAAAAGTACTGAATTGCCCTTTTGGTTCTCCATCTATAAAGCCAGATGATTTATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1302 aa · LXL04_015218|LXL04_015218|OH1004|PROTEIN

MMKLSLRLYTAVAYFQACFFSSFILLFVSIGNADRSDNRILLTSNDTQREKHGEEYCAMYDICGSRSDGKVLNCPFGSPSIKPDDLLSAKIQSLCPTISGNICCTEFQFDTLRSQVQQAIPFLVGCPACLRNFLNLFCELTCSPHQSQFINVTSISKIKENSTVGGIDYYITDSFGEGLFDSCKDVKFGTMNSRAIEFVGASAKNFKEWFAFIGRKAALSVPGSPYSINFRPDADVSTGMKPMNVTTYSCGDTSLGCSCG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015218`
TK1151 ID	TkA02G355120
OH-1004 ID	LXL04_015218
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.273 / OH-1004 52.995 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_015218`
位置	Chr03:66166032-66177467 (-)
描述	Similar to Npc1: NPC intracellular cholesterol transporter 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015218` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0007041 lysosomal transport 生物过程 GO:0008203 cholesterol metabolic process 生物过程 GO:0008206 bile acid metabolic process 生物过程 GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程 GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0010878 cholesterol storage 生物过程 GO:0012501 programmed cell death 生物过程 GO:0014850 response to muscle activity 生物过程
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG12092 hsa:4864 mmu:18145 rno:432367 ssc:397591 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.378

排名 1 · LXL04_015218 · OH-1004

溶酶体／液泡0.341

排名 2 · LXL04_015218 · OH-1004

细胞质0.183

排名 3 · LXL04_015218 · OH-1004

高尔基体0.126

排名 4 · LXL04_015218 · OH-1004

内质网0.109

排名 5 · LXL04_015218 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16414.12NPC1_N55-284 aa

PF22314.3NPC1_MLD431-622 aa

PF02460.25Patched645-798 aa

PF12349.15Sterol-sensing666-816 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015218	`PF16414.12`	NPC1_N	55	284	6.5e-65	219.9
LXL04_015218	`PF22314.3`	NPC1_MLD	431	622	1.6e-37	130.1
LXL04_015218	`PF02460.25`	Patched	645	798	5e-32	111.5
LXL04_015218	`PF12349.15`	Sterol-sensing	666	816	2.7e-47	161.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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