LXL04_015200 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015200

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 65774171-65786729 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5304 bp · LXL04_015200|LXL04_015200|OH1004|cDNA

ATGGAAGTAGTCAATGAACTTTTGAAACAAGTTGTTCCGATCCTGATGAATCCTATTAGCAGATATCTACGGTACATGGTTTCCTGCCCAAAGTACATGAGGTACATGGTTATTAAAATGAAGGAGTTAGATTCTACAATAGTTGGTGTCGAAGAACACATTATTAGGAACACTCATATGAATCTTGAGGTTCCAGCCCAAGTTAACAGTTGGCTGGAAGATGTAAGAAAAATTAAAGCGAAAGCAGAAAATGTTCCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

5304 bp · LXL04_015200|LXL04_015200|OH1004|CDS

ATGGAAGTAGTCAATGAACTTTTGAAACAAGTTGTTCCGATCCTGATGAATCCTATTAGCAGATATCTACGGTACATGGTTTCCTGCCCAAAGTACATGAGGTACATGGTTATTAAAATGAAGGAGTTAGATTCTACAATAGTTGGTGTCGAAGAACACATTATTAGGAACACTCATATGAATCTTGAGGTTCCAGCCCAAGTTAACAGTTGGCTGGAAGATGTAAGAAAAATTAAAGCGAAAGCAGAAAATGTTCCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1767 aa · LXL04_015200|LXL04_015200|OH1004|PROTEIN

MEVVNELLKQVVPILMNPISRYLRYMVSCPKYMRYMVIKMKELDSTIVGVEEHIIRNTHMNLEVPAQVNSWLEDVRKIKAKAENVPTEYVSCFNMKIRHMTGRNAFYIIEEIESLMKRHSLIAWNDHPIPLGRVDSNQASTSTLLVEHNDFPSREVTFMEALKALGPNHTSHMVALWGMGGVGKTTMMMKLKETVSQKKMFKYIIPLDIGEKAELINIQKTVASYLGIDLNDKNKSVRAEILRQGFKAKSDGGKTKFFIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015200`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015200

位置 Chr03:65774171-65786729 (+)

描述 Similar to RPS2: Disease resistance protein RPS2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26090`	疾病抗性（R）蛋白，能特异性识别来自铜绿假单胞菌（Pseudomonas syringae）的AvrRpt2 III型效应子致病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g27220`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g27190`	抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g61190`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g61180`	通过水杨酸（SA）信号通路参与病害抵抗。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015200 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61180

ath:AT1G61190

ath:AT4G26090

ath:AT4G27190

ath:AT4G27220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.587

排名 1 · LXL04_015200 · OH-1004

细胞质0.258

排名 2 · LXL04_015200 · OH-1004

细胞核0.218

排名 3 · LXL04_015200 · OH-1004

内质网0.086

排名 4 · LXL04_015200 · OH-1004

细胞外0.043

排名 5 · LXL04_015200 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931.29NB-ARC163-325 aa

PF23598.2LRR_14566-648 aa

PF23247.2LRR_RPS2763-855 aa

PF23247.2LRR_RPS2861-1011 aa

PF23247.2LRR_RPS21062-1148 aa

PF23247.2LRR_RPS21151-1244 aa

PF23247.2LRR_RPS21289-1341 aa

PF23247.2LRR_RPS21360-1479 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015200	`PF00931.29`	NB-ARC	163	325	9.7e-23	81.3
LXL04_015200	`PF23598.2`	LRR_14	566	648	3.5e-10	39.9
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	763	855	3.1e-105	349.8
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	861	1011	3.1e-105	349.8
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1062	1148	3.1e-105	349.8
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1151	1244	3.1e-105	349.8
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1289	1341	3.1e-105	349.8
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1360	1479	3.1e-105	349.8
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1526	1655	3.1e-105	349.8
LXL04_015200	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1642	1724	3.1e-105	349.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42484`	拟南芥	Disease resistance protein RPS2	26.631%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81825`	拟南芥	Probable disease resistance protein At4g27220	26.285%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9T048`	拟南芥	Disease resistance protein At4g27190	24.973%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O22727`	拟南芥	Probable disease resistance protein At1g61190	25.788%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q940K0`	拟南芥	Disease resistance protein UNI	23.987%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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