LXL04_015086 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015086

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 63209219-63210247 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

960 bp · LXL04_015086|LXL04_015086|OH1004|cDNA

ATGGGCGAACTCCCACCGCCATCGCAGCTTCACCCTTCTCAACCTCCATCACTTCGACAGCCCATCTCTGCAGTATCTAATCATCAACCGGAATTCTGGTGTTACCAGTGCGAAAAACGATCCATCTCCGTCCCTCCTCCACATCTCCGAGACCTAATGGATGACGAAATTCCACCTCTCAGCAGCGAAATTATTCAGTTTCTCAGAGCAATAGATTCTCCTGATGACGATGGCGATTTGCCCCTTCCGGACGCCACAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

960 bp · LXL04_015086|LXL04_015086|OH1004|CDS

ATGGGCGAACTCCCACCGCCATCGCAGCTTCACCCTTCTCAACCTCCATCACTTCGACAGCCCATCTCTGCAGTATCTAATCATCAACCGGAATTCTGGTGTTACCAGTGCGAAAAACGATCCATCTCCGTCCCTCCTCCACATCTCCGAGACCTAATGGATGACGAAATTCCACCTCTCAGCAGCGAAATTATTCAGTTTCTCAGAGCAATAGATTCTCCTGATGACGATGGCGATTTGCCCCTTCCGGACGCCACAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

319 aa · LXL04_015086|LXL04_015086|OH1004|PROTEIN

MGELPPPSQLHPSQPPSLRQPISAVSNHQPEFWCYQCEKRSISVPPPHLRDLMDDEIPPLSSEIIQFLRAIDSPDDDGDLPLPDATADGTVHLRRELEESDDNHHEYDVVESLNQGNRDRQGSDDENEEGEERQRQRRHLLRLRLQDHGLSAGRHGRILDWAELLLQLEDQSVTFGQQRLEFEDGYIGNPGDYVDATGYDSFLQTLAESGSNDRRGAPPASKSAVQALQTVEVNEMTTEACAVCKEGMFNNEQMIVKQLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015086`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015086

位置 Chr03:63209219-63210247 (-)

描述 Similar to CIP8: E3 ubiquitin-protein ligase CIP8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g64920`	E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	The RING finger motif of photomorphogenic repressor COP1 specifically interacts with the RING-H2 motif of a novel Arabidopsis protein.1999 · DOI: 10.1074/jbc.274.39.27674 Biochemical evidence for ubiquitin ligase activity of the Arabidopsis COP1 interacting protein 8 (CIP8).2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01298.x
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0488800`	在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015086 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

ath:AT5G64920

dosa:Os05g0488800

osa:4339152

xla:444028

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.549

排名 1 · LXL04_015086 · OH-1004

细胞核0.494

排名 2 · LXL04_015086 · OH-1004

细胞膜0.078

排名 3 · LXL04_015086 · OH-1004

内质网0.066

排名 4 · LXL04_015086 · OH-1004

线粒体0.056

排名 5 · LXL04_015086 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx1238-284 aa

PF13639.13zf-RING_2240-284 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2241-283 aa

PF00097.32zf-C3HC4241-283 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX241-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015086	`PF12678.14`	zf-rbx1	238	284	2.2e-09	38.1
LXL04_015086	`PF13639.13`	zf-RING_2	240	284	4.1e-12	46.9
LXL04_015086	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	241	283	2.4e-08	34.4
LXL04_015086	`PF00097.32`	zf-C3HC4	241	283	1e-06	29.2
LXL04_015086	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	241	281	8.8e-06	26.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SPL2`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase CIP8	52.866%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	47.321%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AVN2`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1	45.455%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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