LXL04_014939 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014939

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 60010287-60013528 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1449 bp · LXL04_014939|LXL04_014939|OH1004|cDNA

ATGGGAATTTCAACATTCGTGGATGAGATTCTTTGGAGGTTTCAACGACATAATCATCTGTCTTCTTCTGTTACTTCCACTAACCCCAATCCCGTTGTTCTGAATCCCGATTATGAACCCAAACCATCGTCATCATTATCCACAATTGTTCAAGGGTTCCATCTTCCTGCACTTGAGAATACCAGAGTTCCAAAACGCATCGCTTTCCCACCAATGGATCCTATGAAAAGGGTCTCTATCTTTTGCAGATCTTCTATCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1449 bp · LXL04_014939|LXL04_014939|OH1004|CDS

ATGGGAATTTCAACATTCGTGGATGAGATTCTTTGGAGGTTTCAACGACATAATCATCTGTCTTCTTCTGTTACTTCCACTAACCCCAATCCCGTTGTTCTGAATCCCGATTATGAACCCAAACCATCGTCATCATTATCCACAATTGTTCAAGGGTTCCATCTTCCTGCACTTGAGAATACCAGAGTTCCAAAACGCATCGCTTTCCCACCAATGGATCCTATGAAAAGGGTCTCTATCTTTTGCAGATCTTCTATCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

482 aa · LXL04_014939|LXL04_014939|OH1004|PROTEIN

MGISTFVDEILWRFQRHNHLSSSVTSTNPNPVVLNPDYEPKPSSSLSTIVQGFHLPALENTRVPKRIAFPPMDPMKRVSIFCRSSIISIDDSFLEREFFTEYGEAGRYEVQEVVGKGSYGVVGSATDKHTGDRVAIKKINDVFEHVSDATRILREIKLLRLLRHPDIVEIKHIMLPPSRREFRDIYVVFELMESDLHQVIRANDDLTPEHYQFFLYQLLRGLKYIHSANVFHRDLKPKNILANADCKLKICDFGLARVSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014939`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014939

位置 Chr03:60010287-60013528 (+)

描述 Similar to MPK9: Mitogen-activated protein kinase 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18040`	丝裂原活化蛋白激酶9。	暂无已核实直接文献
`At1g73670`	丝裂原活化蛋白激酶 15。	暂无已核实直接文献
`At1g18150`	MKK3-MPK8 和 CAMs-MPK8 模块通过控制受伤期间 RBOHD 基因的表达来负向调节 ROS 积累。	Calmodulin-dependent activation of MAP kinase for ROS homeostasis in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1016/j.molcel.2011.02.029

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0576800`	丝裂原活化蛋白激酶17。	暂无已核实直接文献
`Os05g0143500`	线粒体活化蛋白激酶14。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014939 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18150

ath:AT1G73670

ath:AT3G18040

dosa:Os05g0576800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.615

排名 1 · LXL04_014939 · OH-1004

细胞核0.444

排名 2 · LXL04_014939 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 3 · LXL04_014939 · OH-1004

内质网0.045

排名 4 · LXL04_014939 · OH-1004

线粒体0.043

排名 5 · LXL04_014939 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase108-399 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr109-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014939	`PF00069.32`	Pkinase	108	399	3.7e-66	223.9
LXL04_014939	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	109	324	9.4e-32	111.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LV37`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 9	86.398%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9U4`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 15	86.290%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LM33`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 8	81.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6L5F7`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 17	76.728%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75KK8`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 14	83.871%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情