LXL04_014872 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014872

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 58397920-58401597 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1548 bp · LXL04_014872|LXL04_014872|OH1004|cDNA

ATGGCATCACGACAAGATCCTAGGGCAGGAGAAGATGTAACAGGAAAGGAAGTGAGGGCGGAGGAGGCCGCGAGATTCGCCGCAGATGAACTCCGAGACGTCAACAAACAAAGAGGAGTTGGTGGTACCGGCGGGGCGTCTGAAGTTGTTGTCGAGCACCATCAAACACCATCCGAACAGAACCGTCCCGGAATCATTGGAAGCATTTTTCAAACGGTTACCGGCACTCTCGGTGGCGCCAAAGATGCCGTCATCGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1548 bp · LXL04_014872|LXL04_014872|OH1004|CDS

ATGGCATCACGACAAGATCCTAGGGCAGGAGAAGATGTAACAGGAAAGGAAGTGAGGGCGGAGGAGGCCGCGAGATTCGCCGCAGATGAACTCCGAGACGTCAACAAACAAAGAGGAGTTGGTGGTACCGGCGGGGCGTCTGAAGTTGTTGTCGAGCACCATCAAACACCATCCGAACAGAACCGTCCCGGAATCATTGGAAGCATTTTTCAAACGGTTACCGGCACTCTCGGTGGCGCCAAAGATGCCGTCATCGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

515 aa · LXL04_014872|LXL04_014872|OH1004|PROTEIN

MASRQDPRAGEDVTGKEVRAEEAARFAADELRDVNKQRGVGGTGGASEVVVEHHQTPSEQNRPGIIGSIFQTVTGTLGGAKDAVIGKTHEATEKASVVSQDAAERERRNRDETARKAEEYKNTAAEKAKEAKDTTMRKAGESKDYTAQKAGEAANKAGEYKDYTTQKAKETADSAAQKTKEAKDTTMGKMGEYKDYAAEKTKETADATAQKAKEAKDYTVDKAVAAKDYTAEKTKQTADATAQKAKEAKDATMEKMGEYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014872`
TK1151 ID	TkA02G387310
OH-1004 ID	LXL04_014872
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.773 / OH-1004 85.243 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014872

位置 Chr03:58397920-58401597 (+)

描述 Similar to Embryonic protein DC-8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36640`	可能参与 BHLH109 介导的体细胞胚胎发生调控。	Stress-related function of bHLH109 in somatic embryo induction in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.jplph.2016.02.012
`At3g53040`	可能在近端脱落带细胞中发挥作用，以防止花器官脱落后水分流失（可能）。	A gene co-expression network predicts functional genes controlling the re-establishment of desiccation tolerance in germinated Arabidopsis thaliana seeds.2015 · DOI: 10.1007/s00425-015-2283-7

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0322900`	参与非生物胁迫反应。	OsLEA3-2, an abiotic stress induced gene of rice plays a key role in salt and drought tolerance.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0045117
`UniProt: A2XG55`	晚期胚发育丰富蛋白 1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014872 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0050826 response to freezing 生物过程

GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36640

ath:AT3G53040

dosa:Os03g0322900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.601

排名 1 · LXL04_014872 · OH-1004

细胞核0.275

排名 2 · LXL04_014872 · OH-1004

细胞膜0.182

排名 3 · LXL04_014872 · OH-1004

线粒体0.095

排名 4 · LXL04_014872 · OH-1004

细胞外0.051

排名 5 · LXL04_014872 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02987.22LEA_4102-141 aa

PF02987.22LEA_4121-153 aa

PF02987.22LEA_4143-181 aa

PF02987.22LEA_4172-210 aa

PF02987.22LEA_4206-241 aa

PF02987.22LEA_4238-273 aa

PF02987.22LEA_4272-314 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014872	`PF02987.22`	LEA_4	102	141	1.3e-61	205.0
LXL04_014872	`PF02987.22`	LEA_4	121	153	1.3e-61	205.0
LXL04_014872	`PF02987.22`	LEA_4	143	181	1.3e-61	205.0
LXL04_014872	`PF02987.22`	LEA_4	172	210	1.3e-61	205.0
LXL04_014872	`PF02987.22`	LEA_4	206	241	1.3e-61	205.0
LXL04_014872	`PF02987.22`	LEA_4	238	273	1.3e-61	205.0
LXL04_014872	`PF02987.22`	LEA_4	272	314	1.3e-61	205.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKP0`	拟南芥	Late embryogenesis abundant protein ECP63	44.787%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LF88`	拟南芥	Late embryogenesis abundant protein At3g53040	48.549%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A3AHG5`	水稻	Late embryogenesis abundant protein 17	51.128%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2XG55`	水稻	Late embryogenesis abundant protein 1	51.587%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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