LXL04_014844 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014844

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 57920446-57927035 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4209 bp · LXL04_014844|LXL04_014844|OH1004|cDNA

ATGGGTCATATGGCGGGAATCGGCGGCTTCCAAGATGAGTTGAGCCGGAGTAAGCAACGAGAGGAGTTGGTTGAGAGAGCCATGGCGTTTGTAAAAGAAGATCATGAGAAGTTTTTGAAAAGATTAAAAGAACGCATAGATAGGGTAGGAATCGAGACACCAAAGATTGAAGTAAAGTACGAGAATTTATCAGTGGAAGGCGATGTTTATGTTGGTGATAGAGCTCTTCCGTCTCTCTTTAATACAATCTTCAACTCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

4209 bp · LXL04_014844|LXL04_014844|OH1004|CDS

ATGGGTCATATGGCGGGAATCGGCGGCTTCCAAGATGAGTTGAGCCGGAGTAAGCAACGAGAGGAGTTGGTTGAGAGAGCCATGGCGTTTGTAAAAGAAGATCATGAGAAGTTTTTGAAAAGATTAAAAGAACGCATAGATAGGGTAGGAATCGAGACACCAAAGATTGAAGTAAAGTACGAGAATTTATCAGTGGAAGGCGATGTTTATGTTGGTGATAGAGCTCTTCCGTCTCTCTTTAATACAATCTTCAACTCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1402 aa · LXL04_014844|LXL04_014844|OH1004|PROTEIN

MGHMAGIGGFQDELSRSKQREELVERAMAFVKEDHEKFLKRLKERIDRVGIETPKIEVKYENLSVEGDVYVGDRALPSLFNTIFNSIESVLGLIGIVPSKKRKVKILQSVSGIVKPSRLTLLLGPPGGGKTTLLLALAGKLGNDLKVSHFLRIKHSNFKNIISNQLNFAYGISKQVSGNVSYCGHQLFEFIPQRTCAYISPHSLHTGEMTVRETLDFSGRCLGIGARSRLLTDIIRKEKEAGIEPDTDIDAFMKATAVPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014844`
TK1151 ID	TkA02G392430
OH-1004 ID	LXL04_014844
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.302 / OH-1004 50.713 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014844

位置 Chr03:57920446-57927035 (+)

描述 Similar to ABCG39: ABC transporter G family member 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66950`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g36380`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0587600`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014844 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0009914 hormone transport 生物过程

GO:0042908 xenobiotic transport 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66950

ath:AT2G36380

dosa:Os11g0587600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.477

排名 1 · LXL04_014844 · OH-1004

内质网0.206

排名 2 · LXL04_014844 · OH-1004

溶酶体／液泡0.172

排名 3 · LXL04_014844 · OH-1004

细胞质0.124

排名 4 · LXL04_014844 · OH-1004

高尔基体0.105

排名 5 · LXL04_014844 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14510.12ABC_trans_N32-81 aa

PF00005.34ABC_tran107-317 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7351-403 aa

PF01061.30ABC2_membrane472-684 aa

PF08370.17PDR_assoc694-755 aa

PF00005.34ABC_tran829-981 aa

PF19055.7ABC2_membrane_71010-1070 aa

PF01061.30ABC2_membrane1127-1339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014844	`PF14510.12`	ABC_trans_N	32	81	3.5e-08	34.4
LXL04_014844	`PF00005.34`	ABC_tran	107	317	4.4e-34	118.7
LXL04_014844	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	351	403	4.3e-17	62.8
LXL04_014844	`PF01061.30`	ABC2_membrane	472	684	9.5e-98	326.6
LXL04_014844	`PF08370.17`	PDR_assoc	694	755	4.4e-23	81.5
LXL04_014844	`PF00005.34`	ABC_tran	829	981	4.4e-34	118.7
LXL04_014844	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	1010	1070	4.3e-17	62.8
LXL04_014844	`PF01061.30`	ABC2_membrane	1127	1339	9.5e-98	326.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7PC84`	拟南芥	ABC transporter G family member 39	64.910%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7PC87`	拟南芥	ABC transporter G family member 34	64.574%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GU84`	水稻	ABC transporter G family member 48	57.751%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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