LXL04_014802 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014802

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 57253498-57259615 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3675 bp · LXL04_014802|LXL04_014802|OH1004|cDNA

ATGATTATGTGCAGGTTCAAACGGGCTAGGGTTATCAAAATGTACATAAAGCAGGTCATCATTGAAGGGTTTAAGAGCTACAAAGAACAAGTTGCAACTGATGATTTCAGTCCAAAAGTCAACTGTGTTGTTGGTGCAAATGGATCTGGCAAGTCGAATTTCTTTTCAGCAATTCGGTTTGTGATAAGCGACCTCTTTCATAACTTGAGGAATGAAGATAAACACGCCTTCCTCCATGAAGGAGCAGGACACCAAGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3675 bp · LXL04_014802|LXL04_014802|OH1004|CDS

ATGATTATGTGCAGGTTCAAACGGGCTAGGGTTATCAAAATGTACATAAAGCAGGTCATCATTGAAGGGTTTAAGAGCTACAAAGAACAAGTTGCAACTGATGATTTCAGTCCAAAAGTCAACTGTGTTGTTGGTGCAAATGGATCTGGCAAGTCGAATTTCTTTTCAGCAATTCGGTTTGTGATAAGCGACCTCTTTCATAACTTGAGGAATGAAGATAAACACGCCTTCCTCCATGAAGGAGCAGGACACCAAGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1224 aa · LXL04_014802|LXL04_014802|OH1004|PROTEIN

MIMCRFKRARVIKMYIKQVIIEGFKSYKEQVATDDFSPKVNCVVGANGSGKSNFFSAIRFVISDLFHNLRNEDKHAFLHEGAGHQVLSAFVEIVFDNSDNRIPVDKEEVHLRRTIGTKKDEYFLDGKHITKTEVMNLLESAGFSRSNPYYVVQQGKIASLTLMKDAERLDLLKEIGGTRVYEERRRESLKIMQETGKNQIIQVVQYLDERLRELDEEKAELKKYQQLDKQRKSLEYTIYDKELNDARKELVEVDNERNAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014802`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014802

位置 Chr03:57253498-57259615 (-)

描述 Similar to SMC3: Structural maintenance of chromosomes protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27170`	黏连蛋白复合物（cohesin）的核心组分；该复合物是细胞周期中染色体黏连所必需的。	Condensin and cohesin knockouts in Arabidopsis exhibit a titan seed phenotype.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01224.x Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014802 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ani:ANIA_06364

ath:AT2G27170

bta:281729

mmu:13006

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.894

排名 1 · LXL04_014802 · OH-1004

细胞质0.182

排名 2 · LXL04_014802 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_014802 · OH-1004

线粒体0.019

排名 4 · LXL04_014802 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_014802 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13175.13AAA_1514-425 aa

PF02463.26SMC_N15-1200 aa

PF13476.13AAA_2319-292 aa

PF13304.13AAA_2140-64 aa

PF06470.19SMC_hinge533-645 aa

PF13304.13AAA_211068-1179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014802	`PF13175.13`	AAA_15	14	425	1.4e-09	38.7
LXL04_014802	`PF02463.26`	SMC_N	15	1200	8.1e-66	222.3
LXL04_014802	`PF13476.13`	AAA_23	19	292	8.8e-10	40.3
LXL04_014802	`PF13304.13`	AAA_21	40	64	4.8e-16	60.3
LXL04_014802	`PF06470.19`	SMC_hinge	533	645	3.6e-27	95.8
LXL04_014802	`PF13304.13`	AAA_21	1068	1179	4.8e-16	60.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56YN8`	拟南芥	Structural maintenance of chromosomes protein 3	65.239%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情