LXL04_014686 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014686

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 54842248-54846260 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2551 bp · LXL04_014686|LXL04_014686|OH1004|cDNA

ATGGAAGTTTCCCCCTCTTCATCCGAAGATACATCCGACACTTCTCAACAACCATGCTCCTTCTCCATCTCCGACAACCATCGTCTATACTTGGTCCCTTTCAGGTGGTGGAAGGAAGCTGAAGGGTGTTGTGATCCAGATGGGGgaacgaagaagaagagaggggTTTTGTACGATGCGTTGCCGGCATCGTCGTCGTATGCTGGTCCTATGAAGATACTCAATAACATTTTTAAATCAGATCTTGCGTTTAACCTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2547 bp · LXL04_014686|LXL04_014686|OH1004|CDS

ATGGAAGTTTCCCCCTCTTCATCCGAAGATACATCCGACACTTCTCAACAACCATGCTCCTTCTCCATCTCCGACAACCATCGTCTATACTTGGTCCCTTTCAGGTGGTGGAAGGAAGCTGAAGGGTGTTGTGATCCAGATGGGGGAACGAAGAAGAAGAGAGGGGTTTTGTACGATGCGTTGCCGGCATCGTCGTCGTATGCTGGTCCTATGAAGATACTCAATAACATTTTTAAATCAGATCTTGCGTTTAACCTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

848 aa · LXL04_014686|LXL04_014686|OH1004|PROTEIN

MEVSPSSSEDTSDTSQQPCSFSISDNHRLYLVPFRWWKEAEGCCDPDGGTKKKRGVLYDALPASSSYAGPMKILNNIFKSDLAFNLIKREGEEADDNHVSENNGADDRDINGASGRNYALVSADTWLEALKWHSDSKDKVKAAEDDMTDVYPLQLKLSILQEINTLGVRISKKDNAVECFRRACKIFNIEPEFFHIWDFSGQTAQFLINDKNKNIKDSSTRQSDQDIVLELQVYGLSDLSKNKDMKKDDVAVAPKMNGYC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014686`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014686

位置 Chr03:54842248-54846260 (-)

描述 Similar to UBP8: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22030`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At2g40930`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	Ubiquitin-specific proteases from Arabidopsis thaliana: cloning of AtUBP5 and analysis of substrate specificity of AtUBP3, AtUBP4, and AtUBP5 using Escherichia coli in vivo and in vitro assays.2000 · DOI: 10.1006/abbi.2000.1874
`At4g10570`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At4g10590`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At1g32850`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014686 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0007265 Ras protein signal transduction 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0141137 positive regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能

GO:0140950 histone H2A deubiquitinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32850

ath:AT2G40930

ath:AT4G10570

ath:AT4G10590

ath:AT5G22030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.508

排名 1 · LXL04_014686 · OH-1004

细胞质0.502

排名 2 · LXL04_014686 · OH-1004

线粒体0.076

排名 3 · LXL04_014686 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 4 · LXL04_014686 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_014686 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25242.2Ubiquitin_UBP8155-209 aa

PF00443.36UCH272-843 aa

PF13423.13UCH_1694-825 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014686	`PF25242.2`	Ubiquitin_UBP8	155	209	4.8e-27	94.1
LXL04_014686	`PF00443.36`	UCH	272	843	9.9e-77	258.7
LXL04_014686	`PF13423.13`	UCH_1	694	825	8.1e-12	46.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C585`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8	58.718%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22207`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5	42.586%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZSB5`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10	45.031%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93Y01`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 9	45.101%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9MAQ3`	拟南芥	Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11	44.737%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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