LXL04_014684 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014684

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 54833420-54836439 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1086 bp · LXL04_014684|LXL04_014684|OH1004|cDNA

ATGGAGAAAGGTGCAAAGTCTGAGGACCATTTGATATCAGCAGCAGCTTTTGTTGAAGGTGGAACTCAGGATGCTTGTGATGATGCTTGCAGCATATGCCTTGAAGCATTTTCAGAAAATGATCCTCCCACGGTTACAGGTTGCAAGCACGAATTCCATCTCCAATGCATTCTTGAATGGTGCCAAAGGAGCTCACAATGCCCAATGTGTTGGCAGTCCATCAGCTTGAAAGACGCCACCAGTCAGGAGTTGCTTGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · LXL04_014684|LXL04_014684|OH1004|CDS

ATGGAGAAAGGTGCAAAGTCTGAGGACCATTTGATATCAGCAGCAGCTTTTGTTGAAGGTGGAACTCAGGATGCTTGTGATGATGCTTGCAGCATATGCCTTGAAGCATTTTCAGAAAATGATCCTCCCACGGTTACAGGTTGCAAGCACGAATTCCATCTCCAATGCATTCTTGAATGGTGCCAAAGGAGCTCACAATGCCCAATGTGTTGGCAGTCCATCAGCTTGAAAGACGCCACCAGTCAGGAGTTGCTTGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · LXL04_014684|LXL04_014684|OH1004|PROTEIN

MEKGAKSEDHLISAAAFVEGGTQDACDDACSICLEAFSENDPPTVTGCKHEFHLQCILEWCQRSSQCPMCWQSISLKDATSQELLDAIEQERSIANNPAVNATIFHHPTFGDFELQHLPVSASDAELEERIIQHLAAAAAMGRARHMARREGHRGRTSAHTHTHTRPRYLGFSAQPTRPTTSDDVDVHTTSNPNPNPNPNPNSTPLNTVHEEPVASSSLPASPLVSTIVPARPHESPSTAERSGNQDRPGPSESHSFSDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014684`
TK1151 ID	TkA02G404820
OH-1004 ID	LXL04_014684
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.784 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014684

位置 Chr03:54833420-54836439 (+)

描述 Similar to RHF2A: E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22000`	E3 泛素蛋白连接酶参与配子发生进程的正向调节。	Targeted degradation of the cyclin-dependent kinase inhibitor ICK4/KRP6 by RING-type E3 ligases is essential for mitotic cell cycle progression during Arabidopsis gametogenesis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.059741
`At4g14220`	E3 泛素蛋白连接酶参与配子发生进程的正向调节。	Targeted degradation of the cyclin-dependent kinase inhibitor ICK4/KRP6 by RING-type E3 ligases is essential for mitotic cell cycle progression during Arabidopsis gametogenesis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.059741
`At4g00335`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At3g02290`	介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。	暂无已核实直接文献
`At4g23450`	在体外与 E2 酶 UBC8 结合时，具有 E3 泛素-蛋白连接酶活性。	The Arabidopsis C3H2C3-type RING E3 ubiquitin ligase AtAIRP1 is a positive regulator of an abscisic acid-dependent response to drought stress.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.164749

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014684 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0010729 positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02290

ath:AT4G00335

ath:AT4G14220

ath:AT4G23450

ath:AT5G22000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · LXL04_014684 · OH-1004

细胞核0.317

排名 2 · LXL04_014684 · OH-1004

细胞膜0.106

排名 3 · LXL04_014684 · OH-1004

高尔基体0.100

排名 4 · LXL04_014684 · OH-1004

内质网0.084

排名 5 · LXL04_014684 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx124-70 aa

PF13639.13zf-RING_229-70 aa

PF17123.12zf-RING_1130-57 aa

PF00097.32zf-C3HC430-70 aa

PF13923.13zf-C3HC4_230-70 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX30-68 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014684	`PF12678.14`	zf-rbx1	24	70	1.1e-08	35.8
LXL04_014684	`PF13639.13`	zf-RING_2	29	70	4.6e-11	43.5
LXL04_014684	`PF17123.12`	zf-RING_11	30	57	3.6e-08	33.7
LXL04_014684	`PF00097.32`	zf-C3HC4	30	70	1.8e-07	31.6
LXL04_014684	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	30	70	2.8e-07	30.9
LXL04_014684	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	30	68	6.4e-06	26.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT42`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A	53.521%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q4TU14`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RHF1A	32.565%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2HIJ8`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHB1A	44.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LE94`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase At3g02290	42.308%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93ZF6`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP1	44.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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