LXL04_014594 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014594

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 53277574-53279105 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1338 bp · LXL04_014594|LXL04_014594|OH1004|cDNA

ATGCATTCCGCTTGTtataatcatcatcatcatcatcatcatcatcttgatCATATTCCAACAATggttcatcatcatcatcaaacTCTTGAACATGAGGAGTTGTTCTCTCGGAGATGCATACTTGTCAATGGCCCAGTTATAGTCGGGGCAGGCCCATCGGGTCTTGCAGTCGGGGCAGGGCTTCATAAACAAGGGGTTCCCTTTGTGATTCTTGATCGTGCCAATTGCATTGCGTCTCTTTGGCAAAACAATACTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1338 bp · LXL04_014594|LXL04_014594|OH1004|CDS

ATGCATTCCGCTTGTTATAATCATCATCATCATCATCATCATCATCTTGATCATATTCCAACAATGGTTCATCATCATCATCAAACTCTTGAACATGAGGAGTTGTTCTCTCGGAGATGCATACTTGTCAATGGCCCAGTTATAGTCGGGGCAGGCCCATCGGGTCTTGCAGTCGGGGCAGGGCTTCATAAACAAGGGGTTCCCTTTGTGATTCTTGATCGTGCCAATTGCATTGCGTCTCTTTGGCAAAACAATACTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

445 aa · LXL04_014594|LXL04_014594|OH1004|PROTEIN

MHSACYNHHHHHHHHLDHIPTMVHHHHQTLEHEELFSRRCILVNGPVIVGAGPSGLAVGAGLHKQGVPFVILDRANCIASLWQNNTYDRLKLHLPKQFCQLPYFPFPKDFPEYPSKYQFINYLESYAKKFEINPRFNESVQLAKYDESCGLWRVRTVSGDCEMEYICRWLVVATGENAEKVVPEFEGLDEFGGAVMHACDYRSGEGFEGKRVLVVGCGNSGMEVSLDLCHHNAFPSMVVRSSVHILPREIAGKSTFELAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014594`
TK1151 ID	TkA02G410130
OH-1004 ID	LXL04_014594
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014594

位置 Chr03:53277574-53279105 (-)

描述 Similar to YUC3: Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04610`	参与生长素生物合成。	暂无已核实直接文献
`At4g28720`	参与生长素生物合成。	暂无已核实直接文献
`At2g33230`	参与生长素生物合成。	Activation of a flavin monooxygenase gene YUCCA7 enhances drought resistance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1552-3
`At1g04180`	参与生长素生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g43890`	参与生长素生物合成。	Interaction of auxin and ERECTA in elaborating Arabidopsis inflorescence architecture revealed by the activation tagging of a new member of the YUCCA family putative flavin monooxygenases.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.063495

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014594 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0009684 indoleacetic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程

GO:0010600 regulation of auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0004499 N,N-dimethylaniline monooxygenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04180

ath:AT1G04610

ath:AT2G33230

ath:AT4G28720

ath:AT5G43890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.366

排名 1 · LXL04_014594 · OH-1004

细胞核0.190

排名 2 · LXL04_014594 · OH-1004

内质网0.162

排名 3 · LXL04_014594 · OH-1004

线粒体0.118

排名 4 · LXL04_014594 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 5 · LXL04_014594 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13738.13Pyr_redox_347-242 aa

PF07992.21Pyr_redox_247-233 aa

PF00743.26FMO-like48-362 aa

PF13434.13Lys_Orn_oxgnase112-232 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014594	`PF13738.13`	Pyr_redox_3	47	242	2.6e-24	86.7
LXL04_014594	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	47	233	1.7e-13	51.4
LXL04_014594	`PF00743.26`	FMO-like	48	362	1.5e-26	93.7
LXL04_014594	`PF13434.13`	Lys_Orn_oxgnase	112	232	1e-13	51.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23024`	拟南芥	Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA3	70.460%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SVU0`	拟南芥	Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA8	68.039%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49312`	拟南芥	Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA7	71.739%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O64489`	拟南芥	Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA9	66.268%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LKC0`	拟南芥	Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA5	68.395%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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