LXL04_014581 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014581

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 53018898-53023140 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2133 bp · LXL04_014581|LXL04_014581|OH1004|cDNA

ATGTTGCTGGAGGTGGTGGTCGGCAGCAAACTGTTGTGGTCAGCAGCAACACCAGATCGAAAAATTGCACTCTGTGTATCACCGTCTTCCATCACGGGATCTACAAAGAACCCTAGTTTTTGTAAATCTGTACGAGATTATGATCACCTACCAACGACCCCTTTACTTTCAGTTTGTGACTCATTAGATCACCTCGCATATAATCTTGTGTTGCAGGTTATGGATTTTATGGACATTGATCAGGTAGTGGAGGTCCCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2133 bp · LXL04_014581|LXL04_014581|OH1004|CDS

ATGTTGCTGGAGGTGGTGGTCGGCAGCAAACTGTTGTGGTCAGCAGCAACACCAGATCGAAAAATTGCACTCTGTGTATCACCGTCTTCCATCACGGGATCTACAAAGAACCCTAGTTTTTGTAAATCTGTACGAGATTATGATCACCTACCAACGACCCCTTTACTTTCAGTTTGTGACTCATTAGATCACCTCGCATATAATCTTGTGTTGCAGGTTATGGATTTTATGGACATTGATCAGGTAGTGGAGGTCCCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

710 aa · LXL04_014581|LXL04_014581|OH1004|PROTEIN

MLLEVVVGSKLLWSAATPDRKIALCVSPSSITGSTKNPSFCKSVRDYDHLPTTPLLSVCDSLDHLAYNLVLQVMDFMDIDQVVEVPDTPERFISTHSNDRNTPGTHSDGSSSCRVITKDSINETMRNDPREKGKSVKYHGSRRLFVRPDTNNSSSTSKNPFTTLHNAQKGESLSNSSLQNPAYRKSSSFVDLTDQNMHDRHVFEIDTLDTPVKSLGLNNTDKFGQRFDRGKGVITGGQHKVDHNSSMLTRLSRQKTLVIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014581`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014581

位置 Chr03:53018898-53023140 (+)

描述 Similar to SDIR1: E3 ubiquitin-protein ligase SDIR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55530`	E3 泛素蛋白连接酶，作为脱落酸相关应激信号转导的正调节剂。	SDIR1 is a RING finger E3 ligase that positively regulates stress-responsive abscisic acid signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048488 Arabidopsis SDIR1 enhances drought tolerance in crop plants.2008 · DOI: 10.1271/bbb.80286 The RING finger ubiquitin E3 ligase SDIR1 targets SDIR1-INTERACTING PROTEIN1 for degradation to modulate the salt stress response and ABA signaling in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.134163
`At3g47990`	E3 泛素蛋白连接酶在幼苗早期发育过程中充当糖信号传导的正调节剂。	SUGAR-INSENSITIVE3, a RING E3 ligase, is a new player in plant sugar response.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.150573
`At5g66070`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014581 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000578 embryonic axis specification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47990

ath:AT3G55530

ath:AT5G66070

hsa:51132

xla:398680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.873

排名 1 · LXL04_014581 · OH-1004

细胞质0.227

排名 2 · LXL04_014581 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_014581 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_014581 · OH-1004

线粒体0.020

排名 5 · LXL04_014581 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2663-706 aa

PF12678.14zf-rbx1663-706 aa

PF17123.12zf-RING_11664-692 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2664-705 aa

PF00097.32zf-C3HC4665-705 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014581	`PF13639.13`	zf-RING_2	663	706	2.8e-13	50.6
LXL04_014581	`PF12678.14`	zf-rbx1	663	706	4.6e-08	33.9
LXL04_014581	`PF17123.12`	zf-RING_11	664	692	3.7e-09	36.8
LXL04_014581	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	664	705	5.9e-09	36.3
LXL04_014581	`PF00097.32`	zf-C3HC4	665	705	3.3e-08	34.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2S6`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SDIR1	36.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GYT9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SIS3	48.529%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKX5`	拟南芥	NEP1-interacting protein-like 1	43.284%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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