LXL04_014548 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014548

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 52156161-52158601 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1890 bp · LXL04_014548|LXL04_014548|OH1004|cDNA

ATGCCGGCCCGATTCTCTTTCCGTTATAACCGCCGAACAAATCCTTATTTTTTTCCAACAAATTTATCGCGTTCGATTGGCTCCGCCGTTCTTATTTCAAACAGAACCCTATCTTCTCCGGTTCTCGCCGGCGGGAGAACTCCAGTTCGTGCTAAAACAACTCCAGTTTCTGATTTAGGTTCGAAATTGAAGAATATGCAGGACGATCTTAAGTTGCTTCGATCCGAAACAGATTCAAGTGAGTTTCCCGACACCGTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1890 bp · LXL04_014548|LXL04_014548|OH1004|CDS

ATGCCGGCCCGATTCTCTTTCCGTTATAACCGCCGAACAAATCCTTATTTTTTTCCAACAAATTTATCGCGTTCGATTGGCTCCGCCGTTCTTATTTCAAACAGAACCCTATCTTCTCCGGTTCTCGCCGGCGGGAGAACTCCAGTTCGTGCTAAAACAACTCCAGTTTCTGATTTAGGTTCGAAATTGAAGAATATGCAGGACGATCTTAAGTTGCTTCGATCCGAAACAGATTCAAGTGAGTTTCCCGACACCGTATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

629 aa · LXL04_014548|LXL04_014548|OH1004|PROTEIN

MPARFSFRYNRRTNPYFFPTNLSRSIGSAVLISNRTLSSPVLAGGRTPVRAKTTPVSDLGSKLKNMQDDLKLLRSETDSSEFPDTVFNCVVPYIHDCRDRSSVSLVSKKWCELDGATRKHVTIAMCYATTPLRLRQRFPLLESLTIKGKPRAAMFDLIPEDWGGYVTPWVREISSSLNCLKSIHFRRMIVRDSDIDLLTRTRGQELRVLKLDICSGFSTDGLLQIGNRCTNLKILYLQESVIVEKDGEWLHELALRNTVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014548`
TK1151 ID	TkA02G414350
OH-1004 ID	LXL04_014548
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.991 / OH-1004 86.486 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014548

位置 Chr03:52156161-52158601 (-)

描述 Similar to COI1: Coronatine-insensitive protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39940`	茉莉酸调节的植物育性和防御过程以及冠菌素和/或其他激发子感知/反应所需。	Differential gene expression in response to mechanical wounding and insect feeding in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.5.707 The SCF(COI1) ubiquitin-ligase complexes are required for jasmonate response in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.003368 A conditionally fertile coi1 allele indicates cross-talk between plant hormone signalling pathways in Arabidopsis thaliana seeds and young seedlings.2002 · DOI: 10.1007/s00425-002-0787-4 Arabidopsis Mutants Selected for Resistance to the Phytotoxin Coronatine Are Male Sterile, Insensitive to Methyl Jasmonate, and Resistant to a Bacterial Pathogen.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.5.751 COI1 links jasmonate signalling and fertility to the SCF ubiquitin-ligase complex in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01432.x Characterization of the early response of Arabidopsis to Alternaria brassicicola infection using expression profiling.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.022186 Activation of a COI1-dependent pathway in Arabidopsis by Pseudomonas syringae type III effectors and coronatine.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2003.01986.x COI1: an Arabidopsis gene required for jasmonate-regulated defense and fertility.1998 · DOI: 10.1126/science.280.5366.1091

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0853400`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	OsbHLH148, a basic helix-loop-helix protein, interacts with OsJAZ proteins in a jasmonate signaling pathway leading to drought tolerance in rice.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04477.x Plant hormone jasmonate prioritizes defense over growth by interfering with gibberellin signaling cascade.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1201616109 silencing COI1 in rice increases susceptibility to chewing insects and impairs inducible defense.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0036214 Oryza sativa COI homologues restore jasmonate signal transduction in Arabidopsis coi1-1 mutants.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0052802 Priming of jasmonate-mediated antiherbivore defense responses in rice by silicon.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1305848110
`UniProt: A2WX30`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	暂无已核实直接文献
`Os05g0449500`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	Oryza sativa COI homologues restore jasmonate signal transduction in Arabidopsis coi1-1 mutants.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0052802
`Os03g0265500`	参与茉莉酸（JA）信号传导。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014548 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39940

dosa:Os01g0853400

dosa:Os03g0265500

dosa:Os05g0449500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.411

排名 1 · LXL04_014548 · OH-1004

细胞质0.246

排名 2 · LXL04_014548 · OH-1004

质体0.131

排名 3 · LXL04_014548 · OH-1004

线粒体0.112

排名 4 · LXL04_014548 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 5 · LXL04_014548 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18511.7F-box_580-120 aa

PF18791.8Transp_inhibit140-185 aa

PF29594.1LRR_SKP2486-582 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014548	`PF18511.7`	F-box_5	80	120	6e-15	55.2
LXL04_014548	`PF18791.8`	Transp_inhibit	140	185	8.5e-23	80.3
LXL04_014548	`PF29594.1`	LRR_SKP2	486	582	7.5e-12	45.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04197`	拟南芥	Coronatine-insensitive protein 1	58.537%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Y9P5`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 1a	54.735%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2WX30`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 1a	54.735%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EH4`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 1b	53.195%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84QA7`	水稻	Coronatine-insensitive protein homolog 2	52.897%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情