LXL04_014508 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014508

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 51255129-51257108 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1149 bp · LXL04_014508|LXL04_014508|OH1004|cDNA

TATGTGAGCAGTGATTTTGGAAACCATCCACTGTCACATTTGATGGGATCAGTATTTGGCATGCACAACAGAGAAAATGTTGAGGTGTTCTGCTATGCATTGAGTCCAAATGATGGGAGTGAATGGAGGGTTCGTATCCAGTCAGAAGCTGAACACTTTAAGGACGTGTCAGCCATGACTTCTGACATGATTGCAAGGCTTATAAATGAGGACCACATTCAGATACTTATCAACCTCAATGGTTATACCAAGGGGGCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1119 bp · LXL04_014508|LXL04_014508|OH1004|CDS

CTGTCACATTTGATGGGATCAGTATTTGGCATGCACAACAGAGAAAATGTTGAGGTGTTCTGCTATGCATTGAGTCCAAATGATGGGAGTGAATGGAGGGTTCGTATCCAGTCAGAAGCTGAACACTTTAAGGACGTGTCAGCCATGACTTCTGACATGATTGCAAGGCTTATAAATGAGGACCACATTCAGATACTTATCAACCTCAATGGTTATACCAAGGGGGCAAGAAATGAAATATTTGCTCTGCAGCCAGCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

372 aa · LXL04_014508|LXL04_014508|OH1004|PROTEIN

MSHLMGSVFGMHNRENVEVFCYALSPNDGSEWRVRIQSEAEHFKDVSAMTSDMIARLINEDHIQILINLNGYTKGARNEIFALQPAPIQVSYMGFPGTTGANYIQYLVTDEFVSPTRFAHIYSEKLVHLPHCYFVNDYKQKNVDVLDPSCQPKRSAYGLPENKFIFACFNQLYKMDPEIFITWCNILKRVPNSALWLLRFPAAGEMRLRAYAAAQGVQPDQIIFTDVAMKNEHIRRSSLADLCLDTPLCNAHTTGTDVLW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014508`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014508

位置 Chr03:51255129-51257108 (-)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g04240`	O-连接 N-乙酰氨基葡萄糖转移酶（OGT），在被李子花病毒感染时介导病毒衣壳蛋白（CP）的 O-糖基化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014508 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000423 mitophagy 生物过程

GO:0000432 positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose 生物过程

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0001934 positive regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006041 glucosamine metabolic process 生物过程

GO:0006110 regulation of glycolytic process 生物过程

GO:0006111 regulation of gluconeogenesis 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006493 protein O-linked glycosylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04240

mmu:108155

ocu:100354727

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.436

排名 1 · LXL04_014508 · OH-1004

细胞膜0.368

排名 2 · LXL04_014508 · OH-1004

细胞核0.215

排名 3 · LXL04_014508 · OH-1004

线粒体0.105

排名 4 · LXL04_014508 · OH-1004

内质网0.081

排名 5 · LXL04_014508 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13844.13Glyco_transf_412-140 aa

PF13844.13Glyco_transf_41153-339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014508	`PF13844.13`	Glyco_transf_41	2	140	7.6e-130	434.4
LXL04_014508	`PF13844.13`	Glyco_transf_41	153	339	7.6e-130	434.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8Y0`	拟南芥	Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC	84.140%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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