LXL04_014507 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014507

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 51249279-51253664 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2574 bp · LXL04_014507|LXL04_014507|OH1004|cDNA

ATGGCGACCAAAGTACTCATGGTCGCGGAGAAGCCAAGTATCGCACTTTCGATTGCTACAGCACTCTCCGGTGGTCGAATGTCATCACGAAGGGGTAGTACTGAGGTTCATGAGTTTGATGGGACGTTTTTAGGACATCGGGTACAATATAAAGTGACATCAGTGATTGGTCATGTTTTCAGTGTAGATTTTCCACCAACTTATCAAAATTGGTCAGCCACAGATCCTCTCACTCTTTTTGAAGCTCCAGTTCTCAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2574 bp · LXL04_014507|LXL04_014507|OH1004|CDS

ATGGCGACCAAAGTACTCATGGTCGCGGAGAAGCCAAGTATCGCACTTTCGATTGCTACAGCACTCTCCGGTGGTCGAATGTCATCACGAAGGGGTAGTACTGAGGTTCATGAGTTTGATGGGACGTTTTTAGGACATCGGGTACAATATAAAGTGACATCAGTGATTGGTCATGTTTTCAGTGTAGATTTTCCACCAACTTATCAAAATTGGTCAGCCACAGATCCTCTCACTCTTTTTGAAGCTCCAGTTCTCAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

857 aa · LXL04_014507|LXL04_014507|OH1004|PROTEIN

MATKVLMVAEKPSIALSIATALSGGRMSSRRGSTEVHEFDGTFLGHRVQYKVTSVIGHVFSVDFPPTYQNWSATDPLTLFEAPVLKSESNPKAHIRQHINREARGCGDLVLWLDCDREGENICFEVIECAGFHPNDGRRIHRARFSSVTEKDITHAMKNLVQPNKDEALAVDARQEIDLKVGVAFTRFQTTYFQGKYGNLDSRVISYGPCQTPTLGFCVQRYLQINTFKPEKFWVVYPYIIKSGFELKLEWDRNRLFDHD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014507`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014507

位置 Chr03:51249279-51253664 (-)

描述 Similar to At2g32000: DNA topoisomerase 3-beta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32000`	通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0500600`	通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014507 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0141194 siRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程

GO:0000793 condensed chromosome 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0140225 DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32000

dme:Dmel_CG3458

dosa:Os09g0500600

hsa:8940

mmu:21976

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.587

排名 1 · LXL04_014507 · OH-1004

细胞质0.469

排名 2 · LXL04_014507 · OH-1004

线粒体0.105

排名 3 · LXL04_014507 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 4 · LXL04_014507 · OH-1004

过氧化物酶体0.025

排名 5 · LXL04_014507 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01751.29Toprim5-145 aa

PF01131.26Topoisom_bac163-573 aa

PF23546.2Zn_ribbon_TOP3B607-646 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014507	`PF01751.29`	Toprim	5	145	2.5e-13	50.7
LXL04_014507	`PF01131.26`	Topoisom_bac	163	573	1.7e-104	350.8
LXL04_014507	`PF23546.2`	Zn_ribbon_TOP3B	607	646	1.3e-19	70.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4ISQ7`	拟南芥	DNA topoisomerase 3-beta	73.666%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0J0S6`	水稻	DNA topoisomerase 3-beta	72.402%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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