LXL04_014493 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014493

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 50471716-50479077 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4554 bp · LXL04_014493|LXL04_014493|OH1004|cDNA

ATGGGTTTTCTCCGACTTTTCGTCTTGGCATTCATCGCAACAATTGCTTCTTTCACCATTAATGCCGATGAATCCCCTAAGCTAAACGATGAAGTTTTGGGACTTATAGTCTTCAAATCGTCTCTTACAGACCCATCATCACATTTATCTTCATGGAACCAAGATGATGAAACCCCATGTTCTTGGCAGTTCGTTACCTGCAACCCGGTCACTAGCAGGGTCACCGGACTTTCTCTTGACGGATTGAATCTTTCCGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4554 bp · LXL04_014493|LXL04_014493|OH1004|CDS

ATGGGTTTTCTCCGACTTTTCGTCTTGGCATTCATCGCAACAATTGCTTCTTTCACCATTAATGCCGATGAATCCCCTAAGCTAAACGATGAAGTTTTGGGACTTATAGTCTTCAAATCGTCTCTTACAGACCCATCATCACATTTATCTTCATGGAACCAAGATGATGAAACCCCATGTTCTTGGCAGTTCGTTACCTGCAACCCGGTCACTAGCAGGGTCACCGGACTTTCTCTTGACGGATTGAATCTTTCCGGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1517 aa · LXL04_014493|LXL04_014493|OH1004|PROTEIN

MGFLRLFVLAFIATIASFTINADESPKLNDEVLGLIVFKSSLTDPSSHLSSWNQDDETPCSWQFVTCNPVTSRVTGLSLDGLNLSGKIGRGLEKLQNLKVLSLAYNNFTGNINHELSLLPNLEQLNLSKNGFSNRIPGSLMSSGSIKFLDLSENSLSGPVSEEFFINCLSLRSLSLSGNNLEGPIPSSLSNCTTLNHLDLSNNRFSGNPDFKSGIWSMIRIRTLDLSHNSFSGSIPNGVFALHDLKELLLQGNDFTGALP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014493`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014493

位置 Chr03:50471716-50479077 (-)

描述 Similar to At3g28040: Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At3g28040

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28040`	可能失活的富亮氨酸重复受体样蛋白激酶 At3g28040。	暂无已核实直接文献
`At2g31500`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g56370`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRK。	暂无已核实直接文献
`At5g01890`	富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶，可能参与维管组织发育。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0568600`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014493 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0090511 periclinal cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31500

ath:AT3G28040

ath:AT3G56370

dosa:Os07g0568600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.826

排名 1 · LXL04_014493 · OH-1004

内质网0.087

排名 2 · LXL04_014493 · OH-1004

细胞质0.084

排名 3 · LXL04_014493 · OH-1004

细胞核0.070

排名 4 · LXL04_014493 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 5 · LXL04_014493 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_228-68 aa

PF13855.13LRR_892-131 aa

PF29594.1LRR_SKP2145-298 aa

PF13855.13LRR_8149-205 aa

PF23598.2LRR_14171-293 aa

PF23598.2LRR_14221-321 aa

PF13855.13LRR_8267-327 aa

PF13855.13LRR_8364-423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014493	`PF08263.18`	LRRNT_2	28	68	9.4e-14	52.1
LXL04_014493	`PF13855.13`	LRR_8	92	131	1.9e-45	153.1
LXL04_014493	`PF29594.1`	LRR_SKP2	145	298	4.7e-12	46.5
LXL04_014493	`PF13855.13`	LRR_8	149	205	1.9e-45	153.1
LXL04_014493	`PF23598.2`	LRR_14	171	293	1.6e-27	96.9
LXL04_014493	`PF23598.2`	LRR_14	221	321	1.6e-27	96.9
LXL04_014493	`PF13855.13`	LRR_8	267	327	1.9e-45	153.1
LXL04_014493	`PF13855.13`	LRR_8	364	423	1.9e-45	153.1
LXL04_014493	`PF13855.13`	LRR_8	391	447	1.9e-45	153.1
LXL04_014493	`PF23598.2`	LRR_14	409	563	1.6e-27	96.9
LXL04_014493	`PF12799.14`	LRR_4	412	446	6.1e-28	96.9
LXL04_014493	`PF13855.13`	LRR_8	508	567	1.9e-45	153.1
LXL04_014493	`PF00069.32`	Pkinase	751	963	4.6e-108	361.3
LXL04_014493	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	761	965	6.1e-57	193.6
LXL04_014493	`PF00069.32`	Pkinase	1042	1300	4.6e-108	361.3
LXL04_014493	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1043	1294	6.1e-57	193.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRT1`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At3g28040	59.663%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIQ7`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 24	60.662%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LY03`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK	40.481%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZV7`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC2	40.120%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84SL0`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 20	62.963%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情