LXL04_014364 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014364

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 47508358-47517459 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5670 bp · LXL04_014364|LXL04_014364|OH1004|cDNA

ATGCTAATTACAGAAGATATGGGTAAACCTTCAAAGAAACCCTTCAACAAGAAATCAGAAGACAGGCTTAAGACATTTCAAAAACCATCTAAAAAGCCATTTAAACCGCCTCAAAAATCAAATAGCACTGTGTCTAAAGATGCTGTACCAATTCATATTGAAGACGATGTTCCTGACTTCCCCAGAGGCGGGCAGAGTTCACTCAGCAGGGCAGAGGTAAATGAAGTTCGGGCAGAGGTTGATAAAGAGTTTGGAACAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

5670 bp · LXL04_014364|LXL04_014364|OH1004|CDS

ATGCTAATTACAGAAGATATGGGTAAACCTTCAAAGAAACCCTTCAACAAGAAATCAGAAGACAGGCTTAAGACATTTCAAAAACCATCTAAAAAGCCATTTAAACCGCCTCAAAAATCAAATAGCACTGTGTCTAAAGATGCTGTACCAATTCATATTGAAGACGATGTTCCTGACTTCCCCAGAGGCGGGCAGAGTTCACTCAGCAGGGCAGAGGTAAATGAAGTTCGGGCAGAGGTTGATAAAGAGTTTGGAACAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1889 aa · LXL04_014364|LXL04_014364|OH1004|PROTEIN

MLITEDMGKPSKKPFNKKSEDRLKTFQKPSKKPFKPPQKSNSTVSKDAVPIHIEDDVPDFPRGGQSSLSRAEVNEVRAEVDKEFGTETMVLKKKKKEKPRNLNRSNEDELGSLFGDSQGGKLPRFANKITLKNVTPGMKLWGVISEVNEKDLEVSLPGGLRGLVRASEAIDPLLHDGMEGDTEDEVLSAIFTVGQLVSCIVLKLDDDKKEKEKGKHKIWLSMRLSLLHSSFTLDTIQEGMVVSAYVKSIEDHGYMLHFGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014364`
TK1151 ID	TkA02G433610
OH-1004 ID	LXL04_014364
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.528 / OH-1004 81.472 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014364

位置 Chr03:47508358-47517459 (+)

描述 Similar to RRP5: rRNA biogenesis protein RRP5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11964`	参与核糖体 RNA 的生物发生。	40S ribosome biogenesis co-factors are essential for gametophyte and embryo development.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0054084

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014364 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0051059 NF-kappaB binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11964

hsa:22984

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.907

排名 1 · LXL04_014364 · OH-1004

细胞质0.124

排名 2 · LXL04_014364 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_014364 · OH-1004

线粒体0.018

排名 4 · LXL04_014364 · OH-1004

内质网0.015

排名 5 · LXL04_014364 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23459.2S1_RRP5134-209 aa

PF23459.2S1_RRP5322-392 aa

PF24685.2OB_RRP5_4th402-493 aa

PF23459.2S1_RRP5498-558 aa

PF00575.30S1499-562 aa

PF00575.30S1593-644 aa

PF00575.30S1765-834 aa

PF24682.2OB_RRP5959-1045 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014364	`PF23459.2`	S1_RRP5	134	209	3.6e-77	255.6
LXL04_014364	`PF23459.2`	S1_RRP5	322	392	3.6e-77	255.6
LXL04_014364	`PF24685.2`	OB_RRP5_4th	402	493	9.7e-58	192.9
LXL04_014364	`PF23459.2`	S1_RRP5	498	558	3.6e-77	255.6
LXL04_014364	`PF00575.30`	S1	499	562	1.1e-68	228.3
LXL04_014364	`PF00575.30`	S1	593	644	1.1e-68	228.3
LXL04_014364	`PF00575.30`	S1	765	834	1.1e-68	228.3
LXL04_014364	`PF24682.2`	OB_RRP5	959	1045	1.5e-42	143.9
LXL04_014364	`PF29086.1`	OB_PDCD11	1056	1124	8e-32	110.1
LXL04_014364	`PF23459.2`	S1_RRP5	1336	1407	3.6e-77	255.6
LXL04_014364	`PF00575.30`	S1	1339	1408	1.1e-68	228.3
LXL04_014364	`PF00575.30`	S1	1427	1499	1.1e-68	228.3
LXL04_014364	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	1603	1710	3e-15	57.1
LXL04_014364	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	1624	1710	1.4e-10	42.2
LXL04_014364	`PF23231.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	1638	1885	1.9e-08	34.2
LXL04_014364	`PF05843.21`	Suf	1643	1713	5.6e-13	49.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J8K6`	拟南芥	rRNA biogenesis protein RRP5	58.765%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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