LXL04_014161 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014161

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 43087740-43090754 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1548 bp · LXL04_014161|LXL04_014161|OH1004|cDNA

ATGGGGGTGCAGAGAAACCTCGTGAACAGAAAAACCCTCAATCATGTCGCAAATGCTATGCGGTATTCGAATCCAAAGTCCAATATTTCTTCCCTCCGCCGGTTTTCGTCGTTGCAGCCGCCGGAGCTTCCTCCGTTTGATTACCAGCCCGTTCCATACAAAGGTCCATTAGCCGATGAAGTATTCGAAAAACGAAAGAAGTACCTTGGCCCTTCTCTCTTCCATTACTACCAGAAGCCACTTAATATAGTCGAAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1548 bp · LXL04_014161|LXL04_014161|OH1004|CDS

ATGGGGGTGCAGAGAAACCTCGTGAACAGAAAAACCCTCAATCATGTCGCAAATGCTATGCGGTATTCGAATCCAAAGTCCAATATTTCTTCCCTCCGCCGGTTTTCGTCGTTGCAGCCGCCGGAGCTTCCTCCGTTTGATTACCAGCCCGTTCCATACAAAGGTCCATTAGCCGATGAAGTATTCGAAAAACGAAAGAAGTACCTTGGCCCTTCTCTCTTCCATTACTACCAGAAGCCACTTAATATAGTCGAAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

515 aa · LXL04_014161|LXL04_014161|OH1004|PROTEIN

MGVQRNLVNRKTLNHVANAMRYSNPKSNISSLRRFSSLQPPELPPFDYQPVPYKGPLADEVFEKRKKYLGPSLFHYYQKPLNIVEGKMQYLFDESGRRYLDAFAGIVTVSCGHCHPEILRAIEEQNKLLQHATTIYLHHAIGDFAEGLAEKMPGNLKVVYFVNSGTEANELAMLMARLYSGNLGMIALRNAYHGGSAGTIGLTALNTWNKYAEDVQDHIDHGTSGRVAGFISETIQGVGGSVELASGYLKRVYEMVRKAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014161`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014161

位置 Chr03:43087740-43090754 (+)

描述 Similar to AGT2: Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39660`	线粒体丙氨酸-乙醛酸转氨酶2同源蛋白1。	暂无已核实直接文献
`At3g08860`	线粒体丙氨酸-乙醛酸转氨酶2同源蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At2g38400`	线粒体丙氨酸-乙醛酸转氨酶2同源蛋白2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014161 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009436 glyoxylate catabolic process 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0019265 glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate 生物过程

GO:0019481 L-alanine catabolic process, by transamination 生物过程

GO:0043562 cellular response to nitrogen levels 生物过程

GO:0045429 positive regulation of nitric oxide biosynthetic process 生物过程

GO:2001299 N(omega),N(omega)-dimethyl-L-arginine catabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38400

ath:AT3G08860

ath:AT4G39660

hsa:64902

pon:100171524

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.840

排名 1 · LXL04_014161 · OH-1004

细胞质0.069

排名 2 · LXL04_014161 · OH-1004

过氧化物酶体0.056

排名 3 · LXL04_014161 · OH-1004

细胞核0.034

排名 4 · LXL04_014161 · OH-1004

质体0.030

排名 5 · LXL04_014161 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00202.28Aminotran_380-205 aa

PF00202.28Aminotran_3213-445 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014161	`PF00202.28`	Aminotran_3	80	205	5.9e-80	269.6
LXL04_014161	`PF00202.28`	Aminotran_3	213	445	5.9e-80	269.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940M2`	拟南芥	Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 1, mitochondrial	75.105%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SR86`	拟南芥	Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 3, mitochondrial	60.959%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94AL9`	拟南芥	Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 2, mitochondrial	56.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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