LXL04_014073 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014073

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 41663501-41665848 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2286 bp · LXL04_014073|LXL04_014073|OH1004|cDNA

ATGGCAAGAAATCCTGCAACACGCCTACTCCGGATTTATTCTTCACAATTTAAGGTCAGATTTATCTCATCTTCTAATCGGTTTGCTTTATCTTGCCATGAATTTCATCATCCATCGACGCAAATGCACCAATCGCTTGGTTTCACTCACCCCGAAAGAATCCAGCTCAATAAATGTTCCTCTTCCGGTTTAGATTTTAGGGTTCTTAATCTCAACAAGAGATTTTATTGTACGCCCCGTGAAATTGGAAATTCTTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2286 bp · LXL04_014073|LXL04_014073|OH1004|CDS

ATGGCAAGAAATCCTGCAACACGCCTACTCCGGATTTATTCTTCACAATTTAAGGTCAGATTTATCTCATCTTCTAATCGGTTTGCTTTATCTTGCCATGAATTTCATCATCCATCGACGCAAATGCACCAATCGCTTGGTTTCACTCACCCCGAAAGAATCCAGCTCAATAAATGTTCCTCTTCCGGTTTAGATTTTAGGGTTCTTAATCTCAACAAGAGATTTTATTGTACGCCCCGTGAAATTGGAAATTCTTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

761 aa · LXL04_014073|LXL04_014073|OH1004|PROTEIN

MARNPATRLLRIYSSQFKVRFISSSNRFALSCHEFHHPSTQMHQSLGFTHPERIQLNKCSSSGLDFRVLNLNKRFYCTPREIGNSSDSIVSEHGDDNKIKSQASASTTESFAHVSALDPVKLYRRLRDGPISEKLGLEECEELSEIFHSFARSGWASNQALAIYISASFFPTAAHQFRNFFFKKINRDTVDYLLSLGPGTQSERFLFPIFVEFSLEHFPDEIKKFRSMISSADLTKPETWFPFARAIKRKIIYHCGPTNS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014073`
TK1151 ID	TkA02G456800
OH-1004 ID	LXL04_014073
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014073

位置 Chr03:41663501-41665848 (-)

描述 Similar to At5g39840: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH18, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39840`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0459800`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q01IJ3`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014073 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000957 mitochondrial RNA catabolic process 生物过程

GO:0000958 mitochondrial mRNA catabolic process 生物过程

GO:0000962 positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process 生物过程

GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010929 positive regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0035945 mitochondrial ncRNA surveillance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39840

dosa:Os04g0459800

hsa:6832

rno:294385

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.674

排名 1 · LXL04_014073 · OH-1004

质体0.247

排名 2 · LXL04_014073 · OH-1004

细胞核0.091

排名 3 · LXL04_014073 · OH-1004

细胞质0.061

排名 4 · LXL04_014073 · OH-1004

过氧化物酶体0.015

排名 5 · LXL04_014073 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23703.2DExH18_N142-225 aa

PF22527.3DEXQc_Suv3237-390 aa

PF00271.38Helicase_C408-517 aa

PF18147.7Suv3_C_1599-641 aa

PF12513.16SUV3_C663-710 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014073	`PF23703.2`	DExH18_N	142	225	3.2e-37	127.4
LXL04_014073	`PF22527.3`	DEXQc_Suv3	237	390	3.8e-69	231.9
LXL04_014073	`PF00271.38`	Helicase_C	408	517	7.2e-14	52.7
LXL04_014073	`PF18147.7`	Suv3_C_1	599	641	3.5e-19	69.2
LXL04_014073	`PF12513.16`	SUV3_C	663	710	3.8e-11	43.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KFV7`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH18, mitochondrial	70.089%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7X745`	水稻	ATP-dependent RNA helicase SUV3L, mitochondrial	66.881%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q01IJ3`	水稻	ATP-dependent RNA helicase SUV3L, mitochondrial	66.881%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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