LXL04_014072 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014072

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 41659492-41662791 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2118 bp · LXL04_014072|LXL04_014072|OH1004|cDNA

ATGGAATTTGGGTTCTTTAGGGGATTGCCTACTCACCTTTATTTCTTAGACATATTTAGTCAGGTGGCGTTCTTCATCAATGTTTTCCTCCAATTTTTTGTTGCTTACAGAGATAGTTTAACCTACAGAATGGTCCATAATCGAGCCCTCATTGTTATTAGGTACTTGAAATCTCATTTCATATTTGATTTACTTGCATGTATGCCATGGGATAATATATATAGGGCATCTGGAAGAAAAGAAGAAGTGAGGTTCCTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2118 bp · LXL04_014072|LXL04_014072|OH1004|CDS

ATGGAATTTGGGTTCTTTAGGGGATTGCCTACTCACCTTTATTTCTTAGACATATTTAGTCAGGTGGCGTTCTTCATCAATGTTTTCCTCCAATTTTTTGTTGCTTACAGAGATAGTTTAACCTACAGAATGGTCCATAATCGAGCCCTCATTGTTATTAGGTACTTGAAATCTCATTTCATATTTGATTTACTTGCATGTATGCCATGGGATAATATATATAGGGCATCTGGAAGAAAAGAAGAAGTGAGGTTCCTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

705 aa · LXL04_014072|LXL04_014072|OH1004|PROTEIN

MEFGFFRGLPTHLYFLDIFSQVAFFINVFLQFFVAYRDSLTYRMVHNRALIVIRYLKSHFIFDLLACMPWDNIYRASGRKEEVRFLILIRLIRARKVLEFFSKLEKDIRVNYLFSRILKLIVIKLYCTHTAACIFYYLATTLPASKEEYTWIGSLKLGDYRYSNFREIDLWKRYITSLYFAIGFGDIHAVNLREMIFVMGYVSFNTVLGAYLIGNITALIVKGSKTERYRDRMKDLLKYIDRNRLGRDISNAIKNHLRLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014072`
TK1151 ID	TkA02G456810
OH-1004 ID	LXL04_014072
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.587 / OH-1004 92.482 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014072

位置 Chr03:41659492-41662791 (+)

描述 Similar to SKOR: Potassium channel SKOR

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02850`	高选择性外向整流钾通道。	Identification and disruption of a plant shaker-like outward channel involved in K+ release into the xylem sap.1998 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)81606-2
`At5g37500`	保卫细胞膜上的主要选择性向外整流钾通道。	The Arabidopsis outward K+ channel GORK is involved in regulation of stomatal movements and plant transpiration.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0733970100
`At2g26650`	可能作为高选择性内向整流钾通道，介导低 K⁺ 条件下植物根部的钾吸收。	Regulated expression of Arabidopsis shaker K+ channel genes involved in K+ uptake and distribution in the plant.2003 · DOI: 10.1023/a:1022597102282 A protein kinase, interacting with two calcineurin B-like proteins, regulates K+ transporter AKT1 in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.06.011 A Ca(2)+ signaling pathway regulates a K(+) channel for low-K response in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0605129103 A protein phosphorylation/dephosphorylation network regulates a plant potassium channel.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0707912104 High-affinity K(+) transport in Arabidopsis: AtHAK5 and AKT1 are vital for seedling establishment and postgermination growth under low-potassium conditions.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.154369 A role for the AKT1 potassium channel in plant nutrition.1998 · DOI: 10.1126/science.280.5365.918

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0250600`	可能的向外整流钾通道。	暂无已核实直接文献
`Os04g0445000`	可能的向外整流钾通道。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014072 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0055075 potassium ion homeostasis 生物过程

GO:1902458 positive regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02850

ath:AT5G37500

dosa:Os04g0445000

dosa:Os06g0250600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.620

排名 1 · LXL04_014072 · OH-1004

细胞质0.180

排名 2 · LXL04_014072 · OH-1004

内质网0.147

排名 3 · LXL04_014072 · OH-1004

溶酶体／液泡0.103

排名 4 · LXL04_014072 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 5 · LXL04_014072 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00520.38Ion_trans11-225 aa

PF00027.36cNMP_binding317-400 aa

PF12796.14Ank_2449-536 aa

PF13637.13Ank_4450-494 aa

PF13857.13Ank_5464-511 aa

PF00023.37Ank473-505 aa

PF00023.37Ank506-537 aa

PF12796.14Ank_2543-623 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014072	`PF00520.38`	Ion_trans	11	225	6.9e-17	62.1
LXL04_014072	`PF00027.36`	cNMP_binding	317	400	6.7e-18	65.1
LXL04_014072	`PF12796.14`	Ank_2	449	536	2.1e-29	102.6
LXL04_014072	`PF13637.13`	Ank_4	450	494	8.6e-26	90.1
LXL04_014072	`PF13857.13`	Ank_5	464	511	6e-21	75.0
LXL04_014072	`PF00023.37`	Ank	473	505	6.3e-29	99.1
LXL04_014072	`PF00023.37`	Ank	506	537	6.3e-29	99.1
LXL04_014072	`PF12796.14`	Ank_2	543	623	2.1e-29	102.6
LXL04_014072	`PF13637.13`	Ank_4	547	591	8.6e-26	90.1
LXL04_014072	`PF13857.13`	Ank_5	558	611	6e-21	75.0
LXL04_014072	`PF00023.37`	Ank	572	601	6.3e-29	99.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8S6`	拟南芥	Potassium channel SKOR	66.878%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94A76`	拟南芥	Potassium channel GORK	63.497%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38998`	拟南芥	Potassium channel AKT1	33.641%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q653P0`	水稻	Potassium channel KOR1	61.252%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XUW4`	水稻	Potassium channel KOR2	55.112%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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