LXL04_014006 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014006

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 40446811-40450075 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1989 bp · LXL04_014006|LXL04_014006|OH1004|cDNA

ATGTTGGTAACTGCATCTTCATCAGATGATGGCTATGACTGGTTCCTTGAATTTTTCTCACAAATGGGGAATTTGCAAGAACCAGCATTACAACAAGCAGTTTCAGGTATGAATCTCTCTTCTCCTTCATCTCCAATAATCATATCAACCCTTCTTCACCTAACATCTTTCACAAATATCATATTTGTATTCTACTCAAAACAGGGCATAATTAGAAGCGACAAGTTACACATATTACCCTCCCGTCTCTCATCACTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1989 bp · LXL04_014006|LXL04_014006|OH1004|CDS

ATGTTGGTAACTGCATCTTCATCAGATGATGGCTATGACTGGTTCCTTGAATTTTTCTCACAAATGGGGAATTTGCAAGAACCAGCATTACAACAAGCAGTTTCAGGTATGAATCTCTCTTCTCCTTCATCTCCAATAATCATATCAACCCTTCTTCACCTAACATCTTTCACAAATATCATATTTGTATTCTACTCAAAACAGGGCATAATTAGAAGCGACAAGTTACACATATTACCCTCCCGTCTCTCATCACTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

662 aa · LXL04_014006|LXL04_014006|OH1004|PROTEIN

MLVTASSSDDGYDWFLEFFSQMGNLQEPALQQAVSGMNLSSPSSPIIISTLLHLTSFTNIIFVFYSKQGIIRSDKLHILPSRLSSLASQQDSLSINLSIRLQQPVTTATNRFSPLKCNCVLNPNPSVIKNSASAFSSVLQGKPIILKLLPAVGIVVFAVWGLSPLMRQTRNIFLHKSDGSWGKSSTNYVMTSYLQPLMLWTGAILICSALDPVVLPSEASQIVKKRLLTFVKSLSTVLALAYCLSSAIQQTQNIFMEKNN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014006`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014006

位置 Chr03:40446811-40450075 (-)

描述 Similar to MSL2: Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10490`	机械敏感通道，会对膜脂双层的拉伸力作出开启反应（通过相似性推测）。	MscS-like proteins control plastid size and shape in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.11.044 Two mechanosensitive channel homologs influence division ring placement in Arabidopsis chloroplasts.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.088112
`At1g58200`	响应膜脂质双层中的拉伸力而打开的机械敏感通道。	MscS-like proteins control plastid size and shape in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.11.044 Two mechanosensitive channel homologs influence division ring placement in Arabidopsis chloroplasts.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.088112

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014006 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0071470 cellular response to osmotic stress 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009526 plastid envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0005216 monoatomic ion channel activity 分子功能

GO:0008381 mechanosensitive monoatomic ion channel activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aae:aq_812

ath:AT1G58200

ath:AT5G10490

ece:Z2437

ecj:JW1323

eco:b1330

ecoc:C3026_07790

ecs:ECs_1912

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.948

排名 1 · LXL04_014006 · OH-1004

细胞核0.036

排名 2 · LXL04_014006 · OH-1004

线粒体0.033

排名 3 · LXL04_014006 · OH-1004

细胞质0.028

排名 4 · LXL04_014006 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 5 · LXL04_014006 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25237.1MSL2_3186-315 aa

PF00924.25MS_channel_2nd317-387 aa

PF24956.1Msl2-3_C392-478 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014006	`PF25237.1`	MSL2_3	186	315	1.9e-69	233.0
LXL04_014006	`PF00924.25`	MS_channel_2nd	317	387	1.2e-10	42.0
LXL04_014006	`PF24956.1`	Msl2-3_C	392	478	1.7e-46	157.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56X46`	拟南芥	Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic	58.658%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L7W1`	拟南芥	Mechanosensitive ion channel protein 3, chloroplastic	53.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情