LXL04_013881 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013881

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 37380226-37383322 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1779 bp · LXL04_013881|LXL04_013881|OH1004|cDNA

TCAACCGGTCTACGTTTGGGAAATTACTTCGCACAGACAGAAAGAGTTCCTCCTTCCCCAAGTTTCCAAAGCATTTCGGTTCTTCAGTATTCAGACCCCGAATTAGTGGTGGATAGGATGGGCGGCGGAAGCGGTGAGGGTGCTGTGACCGAAGGTAGTGAATCGAACAAGGATGAAGGTGTTGAGGCCGTTACTGTTAACGTACGGTGTTCGAACGGCACGAAGTTCTCCGTTCAGGTAGCCCTTGAGTCGTCTGTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1764 bp · LXL04_013881|LXL04_013881|OH1004|CDS

TTGGGAAATTACTTCGCACAGACAGAAAGAGTTCCTCCTTCCCCAAGTTTCCAAAGCATTTCGGTTCTTCAGTATTCAGACCCCGAATTAGTGGTGGATAGGATGGGCGGCGGAAGCGGTGAGGGTGCTGTGACCGAAGGTAGTGAATCGAACAAGGATGAAGGTGTTGAGGCCGTTACTGTTAACGTACGGTGTTCGAACGGCACGAAGTTCTCCGTTCAGGTAGCCCTTGAGTCGTCTGTGGAGTCGTTCAAGTCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

587 aa · LXL04_013881|LXL04_013881|OH1004|PROTEIN

MGNYFAQTERVPPSPSFQSISVLQYSDPELVVDRMGGGSGEGAVTEGSESNKDEGVEAVTVNVRCSNGTKFSVQVALESSVESFKSVLEQSCEIPAGQQRLIYKGRILKDNQTLKSYGLEAEHTVHLVRGFVPGTSTPASGAPTTANTPPPVAGGVGSVEGGPMGGIGLGASPFPGLGLNGLGGNGGMFGGGLPELEQMQQQLTQNPNMMREIMDLPLVQNLLNNPDVMRNMMMNNPQMRDIIDRNPELAHMLNDPAILR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013881`
TK1151 ID	TkA02G466650
OH-1004 ID	LXL04_013881
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.158 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013881

位置 Chr03:37380226-37383322 (+)

描述 Similar to DSK2B: Ubiquitin domain-containing protein DSK2b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17200`	结合泛素缀合物，并可能选择这些缀合物使其被降解。	暂无已核实直接文献
`At2g17190`	结合泛素缀合物，并可能选择这些缀合物使其被降解。	The defective proteasome but not substrate recognition function is responsible for the null phenotypes of the Arabidopsis proteasome subunit RPN10.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086702

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013881 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0016241 regulation of macroautophagy 生物过程

GO:0031396 regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0034140 negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0035973 aggrephagy 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17190

ath:AT2G17200

hsa:29979

pon:100174657

rno:114590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.719

排名 1 · LXL04_013881 · OH-1004

细胞核0.509

排名 2 · LXL04_013881 · OH-1004

内质网0.097

排名 3 · LXL04_013881 · OH-1004

线粒体0.061

排名 4 · LXL04_013881 · OH-1004

过氧化物酶体0.054

排名 5 · LXL04_013881 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976.15Rad60-SLD60-128 aa

PF00240.30ubiquitin61-128 aa

PF23195.2UBQLN1202-329 aa

PF23195.2UBQLN1415-508 aa

PF00627.38UBA545-581 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013881	`PF11976.15`	Rad60-SLD	60	128	1e-09	38.7
LXL04_013881	`PF00240.30`	ubiquitin	61	128	1.1e-20	73.8
LXL04_013881	`PF23195.2`	UBQLN1	202	329	8.1e-65	216.8
LXL04_013881	`PF23195.2`	UBQLN1	415	508	8.1e-65	216.8
LXL04_013881	`PF00627.38`	UBA	545	581	4.5e-07	30.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SII8`	拟南芥	Ubiquitin domain-containing protein DSK2b	61.854%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SII9`	拟南芥	Ubiquitin domain-containing protein DSK2a	61.538%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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