LXL04_013832 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013832

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 36611907-36614327 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2421 bp · LXL04_013832|LXL04_013832|OH1004|cDNA

ATGAACCTCGCACCACAACCAGCGTTCACCACCTCGATGAATTATGATCACACTCAATCCCTTCCGCCGTCATCCCCCGACGATGAAAATTTCGAAACGACATGGTATGGAAACATACAGTACCTCCTCAACATATCTGCCGTCGGCACCATCACCTGCGTCCTCATCTTCATTCTCGTCAAGCTCCGCAGCGACCACCGCCGCATGCCGGGTCCCACCGCTATTCTGTCAAAGCTCTTAGCGGTTTGGCACGCCACTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2421 bp · LXL04_013832|LXL04_013832|OH1004|CDS

ATGAACCTCGCACCACAACCAGCGTTCACCACCTCGATGAATTATGATCACACTCAATCCCTTCCGCCGTCATCCCCCGACGATGAAAATTTCGAAACGACATGGTATGGAAACATACAGTACCTCCTCAACATATCTGCCGTCGGCACCATCACCTGCGTCCTCATCTTCATTCTCGTCAAGCTCCGCAGCGACCACCGCCGCATGCCGGGTCCCACCGCTATTCTGTCAAAGCTCTTAGCGGTTTGGCACGCCACTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

806 aa · LXL04_013832|LXL04_013832|OH1004|PROTEIN

MNLAPQPAFTTSMNYDHTQSLPPSSPDDENFETTWYGNIQYLLNISAVGTITCVLIFILVKLRSDHRRMPGPTAILSKLLAVWHATGREIARHCGADAAQFLLIEGGSFLLIILISVLSITVLLPLNLYAGTVSMVDEFSMTTINHIAKGSGLLWIHFLFVVLVVVLVHYGINQIEGRLKITRFRDGFGNPSDPSSANSSAIFTLMIKGVPKNLGPARDSLLEYFQHKYPGKVYKVIAPMDLCALDDLVTDLVKVREDVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013832`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013832

位置 Chr03:36611907-36614327 (-)

描述 Similar to GFS10: CSC1-like protein At4g35870

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35870`	作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013832 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001817 regulation of cytokine production 生物过程

GO:0003094 glomerular filtration 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0007040 lysosome organization 生物过程

GO:0036335 intestinal stem cell homeostasis 生物过程

GO:0045428 regulation of nitric oxide biosynthetic process 生物过程

GO:0050764 regulation of phagocytosis 生物过程

GO:0160069 surfactant secretion 生物过程

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35870

mmu:208795

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.342

排名 1 · LXL04_013832 · OH-1004

溶酶体／液泡0.297

排名 2 · LXL04_013832 · OH-1004

内质网0.175

排名 3 · LXL04_013832 · OH-1004

细胞质0.159

排名 4 · LXL04_013832 · OH-1004

高尔基体0.139

排名 5 · LXL04_013832 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13967.12RSN1_TM65-172 aa

PF14703.13PHM7_cyt203-402 aa

PF02714.21RSN1_7TM413-598 aa

PF02714.21RSN1_7TM652-739 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013832	`PF13967.12`	RSN1_TM	65	172	6.1e-12	46.2
LXL04_013832	`PF14703.13`	PHM7_cyt	203	402	5.4e-13	50.2
LXL04_013832	`PF02714.21`	RSN1_7TM	413	598	5.4e-22	79.2
LXL04_013832	`PF02714.21`	RSN1_7TM	652	739	5.4e-22	79.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZT4`	拟南芥	Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 4.1	68.688%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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