LXL04_013761 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013761

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 35557737-35559805 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1336 bp · LXL04_013761|LXL04_013761|OH1004|cDNA

ATGGAGCTTGCCCTTCAATCCATATCTCCGGCTCTTCCCAACACTCTGTTCCTCCTCTCTCTCCACCCATCTCCTCTCTCTGCCTTCCCCTACAATCCCCGCCGCCAATTTCAATTCAACGCTCTCTTCTCTTCCGCCGTTGCTTCTCCGTCGAAGCAGTTGCTATGTTCTCACGCTGGAGGCCGGTTCGAACAAGAACAAGTGGaagtagaagaagaagaagaagatgatgaagatgcttACGGAACATCTGCGTTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · LXL04_013761|LXL04_013761|OH1004|CDS

ATGGAGCTTGCCCTTCAATCCATATCTCCGGCTCTTCCCAACACTCTGTTCCTCCTCTCTCTCCACCCATCTCCTCTCTCTGCCTTCCCCTACAATCCCCGCCGCCAATTTCAATTCAACGCTCTCTTCTCTTCCGCCGTTGCTTCTCCGTCGAAGCAGTTGCTATGTTCTCACGCTGGAGGCCGGTTCGAACAAGAACAAGTGGAAGTAGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGAAGATGCTTACGGAACATCTGCGTTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · LXL04_013761|LXL04_013761|OH1004|PROTEIN

MELALQSISPALPNTLFLLSLHPSPLSAFPYNPRRQFQFNALFSSAVASPSKQLLCSHAGGRFEQEQVEVEEEEEDDEDAYGTSAFLSLSSKPDRNMAMLDDYEMEELGYLADPNHRSGYVAVVGKPNVGKSTLSNQMIGQKLSIVTDKPQTTRHRILGICSAPEYQMILYDTPGVIEKKMHKLDTMMMKNVRSAAINADCVLVVVDACKTPQNINEVLQEGVGELKENVPVLIVLNKRDLIKPGEMAKKLEWYEKSTDV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013761`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013761

位置 Chr03:35557737-35559805 (+)

描述 Similar to At5g66470: GTPase ERA-like, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66470`	核基因编码的可能 GTP 酶，参与叶绿体核糖体的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0567300`	核基因编码的可能 GTP 酶，参与叶绿体核糖体的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013761 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000028 ribosomal small subunit assembly 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0019843 rRNA binding 分子功能

GO:0043024 ribosomal small subunit binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G66470

dosa:Os05g0567300

gme:Gmet_2315

hmo:HM1_2451

zma:100216562

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.817

排名 1 · LXL04_013761 · OH-1004

线粒体0.170

排名 2 · LXL04_013761 · OH-1004

细胞核0.041

排名 3 · LXL04_013761 · OH-1004

细胞质0.020

排名 4 · LXL04_013761 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_013761 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01926.30MMR_HSR1121-238 aa

PF02421.25FeoB_N121-279 aa

PF00009.34GTP_EFTU121-286 aa

PF03029.24ATP_bind_1165-265 aa

PF03193.23RsgA_GTPase190-283 aa

PF07650.24KH_2321-398 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013761	`PF01926.30`	MMR_HSR1	121	238	1.2e-25	90.6
LXL04_013761	`PF02421.25`	FeoB_N	121	279	4.6e-15	56.2
LXL04_013761	`PF00009.34`	GTP_EFTU	121	286	5.2e-08	33.4
LXL04_013761	`PF03029.24`	ATP_bind_1	165	265	3.1e-06	27.9
LXL04_013761	`PF03193.23`	RsgA_GTPase	190	283	2.3e-10	41.3
LXL04_013761	`PF07650.24`	KH_2	321	398	5.8e-14	52.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZ74`	拟南芥	GTPase ERA-like, chloroplastic	77.212%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FI63`	水稻	GTPase ERA-like, chloroplastic	76.048%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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