LXL04_013734 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013734

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 34967470-34977219 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4344 bp · LXL04_013734|LXL04_013734|OH1004|cDNA

ATGAGGGATCATACCGAGCGATTTCTCATTTCACCTGGTTTAGCTGATTACTCTAGCAACACGGATCACTCCGATGATGGCTCTTACGACTTACTTTCTTCCGATCTGTCTGATTTACTTGTTCTAACCAAAGGAGAAGCTTCTAATACCACAGCTGCTTACGAAGACAACCTCTCTGCTCAAATCAACTCCTTTTCTTTCGAATCAGATAACGAAGCCAAATCTAATCCTTCAGAAGAAGAaacggaagaagaagaaga...

CDS

下载 CDS FASTA

4344 bp · LXL04_013734|LXL04_013734|OH1004|CDS

ATGAGGGATCATACCGAGCGATTTCTCATTTCACCTGGTTTAGCTGATTACTCTAGCAACACGGATCACTCCGATGATGGCTCTTACGACTTACTTTCTTCCGATCTGTCTGATTTACTTGTTCTAACCAAAGGAGAAGCTTCTAATACCACAGCTGCTTACGAAGACAACCTCTCTGCTCAAATCAACTCCTTTTCTTTCGAATCAGATAACGAAGCCAAATCTAATCCTTCAGAAGAAGAAACGGAAGAAGAAGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1447 aa · LXL04_013734|LXL04_013734|OH1004|PROTEIN

MRDHTERFLISPGLADYSSNTDHSDDGSYDLLSSDLSDLLVLTKGEASNTTAAYEDNLSAQINSFSFESDNEAKSNPSEEETEEEEEFSGMDFPDNVDTGKKRNFMTMAYENSYFDIHDYPSHIKLKDNITIKEMAKNHILRYLPAKSLARCQLVSKEWDSWISTPFFAHTQSQYFNQTSGFFHDNENEHISFISLDTSSYGVPDPSLYFLPQNVSIKSSCNGLLLCQAFHDENKYYICNPTNKQWIELPFSTYYHGKQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013734`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013734

位置 Chr03:34967470-34977219 (+)

描述 Similar to At5g07610: F-box protein At5g07610

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07610`	F-box蛋白 At5g07610。	暂无已核实直接文献
`At5g49610`	F-box 蛋白 At5g49610。	暂无已核实直接文献
`At1g32420`	推测的 F-box 蛋白 At1g32420。	暂无已核实直接文献
`At4g09190`	推测的 F-盒蛋白 At4g09190。	暂无已核实直接文献
`At5g03970`	F-box蛋白At5g03970。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013734 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G07610

ath:AT5G49610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.642

排名 1 · LXL04_013734 · OH-1004

细胞核0.411

排名 2 · LXL04_013734 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_013734 · OH-1004

内质网0.062

排名 4 · LXL04_013734 · OH-1004

溶酶体／液泡0.035

排名 5 · LXL04_013734 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box138-166 aa

PF12937.13F-box-like139-166 aa

PF08268.18FBA_3211-383 aa

PF03478.25Beta-prop_KIB1-4213-372 aa

PF24750.2b-prop_At3g26010-like215-344 aa

PF00646.39F-box619-648 aa

PF12937.13F-box-like619-646 aa

PF03478.25Beta-prop_KIB1-4693-870 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013734	`PF00646.39`	F-box	138	166	2.6e-20	72.1
LXL04_013734	`PF12937.13`	F-box-like	139	166	1.2e-18	67.3
LXL04_013734	`PF08268.18`	FBA_3	211	383	2e-23	83.6
LXL04_013734	`PF03478.25`	Beta-prop_KIB1-4	213	372	2.1e-18	67.5
LXL04_013734	`PF24750.2`	b-prop_At3g26010-like	215	344	2.6e-25	90.0
LXL04_013734	`PF00646.39`	F-box	619	648	2.6e-20	72.1
LXL04_013734	`PF12937.13`	F-box-like	619	646	1.2e-18	67.3
LXL04_013734	`PF03478.25`	Beta-prop_KIB1-4	693	870	2.1e-18	67.5
LXL04_013734	`PF24750.2`	b-prop_At3g26010-like	696	825	2.6e-25	90.0
LXL04_013734	`PF08268.18`	FBA_3	696	840	2e-23	83.6
LXL04_013734	`PF00646.39`	F-box	1111	1142	2.6e-20	72.1
LXL04_013734	`PF12937.13`	F-box-like	1113	1140	1.2e-18	67.3
LXL04_013734	`PF24750.2`	b-prop_At3g26010-like	1187	1318	2.6e-25	90.0
LXL04_013734	`PF08268.18`	FBA_3	1188	1323	2e-23	83.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLS0`	拟南芥	F-box protein At5g07610	32.114%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FGY4`	拟南芥	F-box protein At5g49610	28.821%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQL5`	拟南芥	Putative F-box protein At1g32420	29.412%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0Q9`	拟南芥	Putative F-box protein At4g09190	25.820%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94A64`	拟南芥	F-box protein At5g03970	24.561%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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