LXL04_013681 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013681

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 34091825-34094806 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2982 bp · LXL04_013681|LXL04_013681|OH1004|cDNA

ATGGGAGATCCAATCGTGTCTTCTGTAGTCAATCAAGTAATGGAAAGATCCACATCTTTAGCAGCCCAAGATTTCGCGGTTTTATGGGGCCTCAAGTCCGATCTCCGGTCTTTACGGACCATTTTTACTCAGATCCAAGCGGTGCTCGCCGACGCTGAAGTCAAACAGAGGAAGAACAAAGCGTTACAGGACTGGCTAAGGAAACTCAGAGCTGCATCTTTCGAGGTCGAGAACGTGTTAGAAGAGGTCTCTACCGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2982 bp · LXL04_013681|LXL04_013681|OH1004|CDS

ATGGGAGATCCAATCGTGTCTTCTGTAGTCAATCAAGTAATGGAAAGATCCACATCTTTAGCAGCCCAAGATTTCGCGGTTTTATGGGGCCTCAAGTCCGATCTCCGGTCTTTACGGACCATTTTTACTCAGATCCAAGCGGTGCTCGCCGACGCTGAAGTCAAACAGAGGAAGAACAAAGCGTTACAGGACTGGCTAAGGAAACTCAGAGCTGCATCTTTCGAGGTCGAGAACGTGTTAGAAGAGGTCTCTACCGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

993 aa · LXL04_013681|LXL04_013681|OH1004|PROTEIN

MGDPIVSSVVNQVMERSTSLAAQDFAVLWGLKSDLRSLRTIFTQIQAVLADAEVKQRKNKALQDWLRKLRAASFEVENVLEEVSTEALLRRLHVERGIKNRVSTFFSASNPLQFRIKMVQKVKDIKELLDAIAAERINFELVEGINHFEVLADIETRTICLIDSEIVGRVEEKEMIIDKIRTNFNTLDHDRVHVYTISGVGGLGKTTLAQLIYNDPRVDKLFDLKLWLRVSNDFSTITLTREILKSIERDSDSPNLSHTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013681`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013681

位置 Chr03:34091825-34094806 (-)

描述 Similar to RGA2: Disease resistance protein RGA2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14470`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013681 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.542

排名 1 · LXL04_013681 · OH-1004

细胞质0.283

排名 2 · LXL04_013681 · OH-1004

细胞核0.203

排名 3 · LXL04_013681 · OH-1004

内质网0.055

排名 4 · LXL04_013681 · OH-1004

质体0.053

排名 5 · LXL04_013681 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18052.7Rx_N9-93 aa

PF00931.29NB-ARC185-350 aa

PF23559.2WHD_DRP439-513 aa

PF23598.2LRR_14558-860 aa

PF23286.1LRR_13562-667 aa

PF13855.13LRR_8581-638 aa

PF25019.1LRR_R13L1-DRL21606-662 aa

PF25019.1LRR_R13L1-DRL21692-816 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013681	`PF18052.7`	Rx_N	9	93	4.6e-20	72.2
LXL04_013681	`PF00931.29`	NB-ARC	185	350	2.5e-30	106.0
LXL04_013681	`PF23559.2`	WHD_DRP	439	513	2.4e-22	79.4
LXL04_013681	`PF23598.2`	LRR_14	558	860	2e-37	129.5
LXL04_013681	`PF23286.1`	LRR_13	562	667	1.1e-07	32.5
LXL04_013681	`PF13855.13`	LRR_8	581	638	2.4e-09	37.5
LXL04_013681	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	606	662	2.1e-47	160.9
LXL04_013681	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	692	816	2.1e-47	160.9
LXL04_013681	`PF23247.2`	LRR_RPS2	864	964	1.8e-13	51.5
LXL04_013681	`PF23598.2`	LRR_14	875	964	2e-37	129.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRR4`	拟南芥	Putative disease resistance RPP13-like protein 1	31.232%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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