LXL04_013542 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013542

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 31247671-31254309 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4542 bp · LXL04_013542|LXL04_013542|OH1004|cDNA

ATGGAAGATGACAACCAGAGACAAAGGAGGAAAAGAGGAACGGGGTCAGAGAAGCGTGCTGAACTACTCCGCAAGCTCAAAACCCGCAGAGAAGGCGGCGGCGGCGGCGAAATTGGCGGAGAACGTTACCAGATAAAGATCGATGAACCAATCTACGATACTGTCGACGACGATGAGTACGAGAGCCTCGTGGCGCAACGGCGTAAAGAATTCGAAGGGTTTATCGTCGACGACGATGGCCTTGGTTACGGGGACGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4542 bp · LXL04_013542|LXL04_013542|OH1004|CDS

ATGGAAGATGACAACCAGAGACAAAGGAGGAAAAGAGGAACGGGGTCAGAGAAGCGTGCTGAACTACTCCGCAAGCTCAAAACCCGCAGAGAAGGCGGCGGCGGCGGCGAAATTGGCGGAGAACGTTACCAGATAAAGATCGATGAACCAATCTACGATACTGTCGACGACGATGAGTACGAGAGCCTCGTGGCGCAACGGCGTAAAGAATTCGAAGGGTTTATCGTCGACGACGATGGCCTTGGTTACGGGGACGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1513 aa · LXL04_013542|LXL04_013542|OH1004|PROTEIN

MEDDNQRQRRKRGTGSEKRAELLRKLKTRREGGGGGEIGGERYQIKIDEPIYDTVDDDEYESLVAQRRKEFEGFIVDDDGLGYGDEGEEVDWTKSGVVPSSEEESEGELGKRKPKKAKTEKKEKKEQKKPSFEAAAALMGKQRISNLFTSAVFNKCKPSVVSNDSLIDDVLAEFAPDENDKEKRRRGNKKPSQNGTVSVQTSLITPVKAEITPVKAEITPVSSVIVNTPSSNSLNKHDLLEQEKEVLEIPKNETDLGVVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013542`
TK1151 ID	TkA02G490860
OH-1004 ID	LXL04_013542
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.841 / OH-1004 45.076 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013542

位置 Chr03:31247671-31254309 (+)

描述 Similar to Os01g0868300: DNA polymerase alpha catalytic subunit

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67100`	与 DNA 引物酶形成复合物的聚合酶 alpha 是复制聚合酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0868300`	与 DNA 引物酶形成复合物的聚合酶 alpha 是复制聚合酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013542 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006269 DNA replication, synthesis of primer 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006272 leading strand elongation 生物过程

GO:0006273 lagging strand elongation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0032479 regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G67100

hsa:5422

rno:85241

xla:398200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.788

排名 1 · LXL04_013542 · OH-1004

细胞质0.217

排名 2 · LXL04_013542 · OH-1004

线粒体0.067

排名 3 · LXL04_013542 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 4 · LXL04_013542 · OH-1004

内质网0.021

排名 5 · LXL04_013542 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12254.14DNA_pol_alpha_N23-89 aa

PF03104.26DNA_pol_B_exo1490-746 aa

PF00136.27DNA_pol_B811-1270 aa

PF08996.16zf-DNA_Pol1310-1510 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013542	`PF12254.14`	DNA_pol_alpha_N	23	89	4.7e-16	59.4
LXL04_013542	`PF03104.26`	DNA_pol_B_exo1	490	746	4.6e-30	105.5
LXL04_013542	`PF00136.27`	DNA_pol_B	811	1270	2e-125	419.9
LXL04_013542	`PF08996.16`	zf-DNA_Pol	1310	1510	6.4e-43	147.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHA3`	拟南芥	DNA polymerase alpha catalytic subunit	57.980%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48653`	水稻	DNA polymerase alpha catalytic subunit	61.443%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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