LXL04_013447 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013447

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 29829488-29835010 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1683 bp · LXL04_013447|LXL04_013447|OH1004|cDNA

ATGCTTAGTGGATGTACCGTTTATACGAATGGATTCGAAATCACAAGCTCTTCTCTCCGCCAGACTTCttcctctccctctctcctccCTGTCTCCGGACTTCCCCTCCTCACCGGAATCGGTCGTTCTCCTTTCCGCCGCCTTCTTAATCACGCTGTACGGGATCGGAGACTAGCGTTGCCTTTGTGCTCTGTCTCTTCTCCTCTCCGCCTGCATCAGAAAGAAACCATGGCTGAACAGAAGCTAACAAGAATAGGCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1683 bp · LXL04_013447|LXL04_013447|OH1004|CDS

ATGCTTAGTGGATGTACCGTTTATACGAATGGATTCGAAATCACAAGCTCTTCTCTCCGCCAGACTTCTTCCTCTCCCTCTCTCCTCCCTGTCTCCGGACTTCCCCTCCTCACCGGAATCGGTCGTTCTCCTTTCCGCCGCCTTCTTAATCACGCTGTACGGGATCGGAGACTAGCGTTGCCTTTGTGCTCTGTCTCTTCTCCTCTCCGCCTGCATCAGAAAGAAACCATGGCTGAACAGAAGCTAACAAGAATAGGCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

560 aa · LXL04_013447|LXL04_013447|OH1004|PROTEIN

MLSGCTVYTNGFEITSSSLRQTSSSPSLLPVSGLPLLTGIGRSPFRRLLNHAVRDRRLALPLCSVSSPLRLHQKETMAEQKLTRIGLAGLAVMGQNLALNIAEKGFPISVYNRSTNKVDETVERAQKEGNLPLFGFHDPESFVKSIQKPRSIIMLVKAGAPVDQTIKTLSQYMEKGDCIIDGGNEWYENTERREKEMAELGLLYLGMGVSGGEEGARNGPSMMPGGSIEAYKYIEDIVLKVAAQVPDSGPCVTYIGEGGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013447`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013447

位置 Chr03:29829488-29835010 (+)

描述 Similar to PGD2: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02360`	可能催化 6-磷酸葡萄糖酸氧化脱羧为 5-磷酸核酮糖和 CO₂，同时将 NADP 还原为 NADPH。	Defects in Peroxisomal 6-Phosphogluconate Dehydrogenase Isoform PGD2 Prevent Gametophytic Interaction in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01301
`At5g41670`	催化6-磷酸葡萄糖酸盐氧化脱羧生成核酮糖5-磷酸和CO2，同时伴随NADP还原为NADPH。	暂无已核实直接文献
`At1g64190`	催化6-磷酸葡萄糖酸盐氧化脱羧生成核酮糖5-磷酸和CO2，同时伴随NADP还原为NADPH。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0111500`	催化6-磷酸葡萄糖酸盐氧化脱羧生成核酮糖5-磷酸和CO2，同时伴随NADP还原为NADPH。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013447 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009051 pentose-phosphate shunt, oxidative branch 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009750 response to fructose 生物过程

GO:0019521 D-gluconate metabolic process 生物过程

GO:0080173 male-female gamete recognition during double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64190

ath:AT3G02360

ath:AT5G41670

dosa:Os06g0111500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.662

排名 1 · LXL04_013447 · OH-1004

细胞质0.249

排名 2 · LXL04_013447 · OH-1004

过氧化物酶体0.143

排名 3 · LXL04_013447 · OH-1004

线粒体0.102

排名 4 · LXL04_013447 · OH-1004

细胞核0.069

排名 5 · LXL04_013447 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03446.22NAD_binding_284-256 aa

PF00393.256PGD261-551 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013447	`PF03446.22`	NAD_binding_2	84	256	1.9e-45	155.5
LXL04_013447	`PF00393.25`	6PGD	261	551	1.6e-127	425.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWA3`	拟南芥	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 2	87.448%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FFR3`	拟南芥	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 3, chloroplastic	76.337%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SH69`	拟南芥	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 1, chloroplastic	76.132%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LI00`	水稻	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 1	84.842%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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