LXL04_013316 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013316

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 27603148-27607362 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3549 bp · LXL04_013316|LXL04_013316|OH1004|cDNA

ATGTATGGGCGGTGCGAAGGTGAGCTGTGGTTACACCGTCGGCACATGTGGTTGGTCCCTTCTCCCTCCACGCCGTCTCTAGTCGCTCCCATCAGTTCCTCCGTATTCATCGACTCTACCTCTTTCGCCAAAGATAGACGCAAGATTCATATTGGTGACTGTGCACTATTCAAGCCACCCCAGAATTCCCCTCCATCTATAGCAATAATCCGTAGATTAATAGTAGATAAAGAAGATAATTTAATTCTGAGTGTGAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3549 bp · LXL04_013316|LXL04_013316|OH1004|CDS

ATGTATGGGCGGTGCGAAGGTGAGCTGTGGTTACACCGTCGGCACATGTGGTTGGTCCCTTCTCCCTCCACGCCGTCTCTAGTCGCTCCCATCAGTTCCTCCGTATTCATCGACTCTACCTCTTTCGCCAAAGATAGACGCAAGATTCATATTGGTGACTGTGCACTATTCAAGCCACCCCAGAATTCCCCTCCATCTATAGCAATAATCCGTAGATTAATAGTAGATAAAGAAGATAATTTAATTCTGAGTGTGAATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1182 aa · LXL04_013316|LXL04_013316|OH1004|PROTEIN

MYGRCEGELWLHRRHMWLVPSPSTPSLVAPISSSVFIDSTSFAKDRRKIHIGDCALFKPPQNSPPSIAIIRRLIVDKEDNLILSVNWLYRPCDVKLLKGASPEAAPNEVFYSFHQVEISAASLLHPCIVSFLHKGVELPPSVSSFVCRRVYDIETKCLLRLNNQDYSNEQQEVVDQLLDKTRVEMYGGHSPKTLNGPGPNGTTQVKGKKREQSSDPGQLRPEDMLKAEIARITDKGGLVDFEGVEKIIQLMQPESGDKKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013316`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013316

位置 Chr03:27603148-27607362 (-)

描述 Similar to ppp1r10: Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11560`	转录抑制因子。	A protein complex regulates RNA processing of intronic heterochromatin-containing genes in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.1073/pnas.1710683114 Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2 complex in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41467-020-20089-0 A histone H3K27me3 reader cooperates with a family of PHD finger-containing proteins to regulate flowering time in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/jipb.13067

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013316 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010220 positive regulation of vernalization response 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0001217 DNA-binding transcription repressor activity 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0061628 histone H3K27me3 reader activity 分子功能

GO:0140566 histone reader activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

bdi:100843157

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · LXL04_013316 · OH-1004

细胞质0.081

排名 2 · LXL04_013316 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 3 · LXL04_013316 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_013316 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_013316 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01426.25BAH48-158 aa

PF08711.17Med26323-372 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013316	`PF01426.25`	BAH	48	158	6.3e-14	52.6
LXL04_013316	`PF08711.17`	Med26	323	372	3.6e-14	53.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXT5`	拟南芥	ASI1-immunoprecipitated protein 3	32.258%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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