LXL04_013210 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013210

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 26022496-26023761 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

464 bp · LXL04_013210|LXL04_013210|OH1004|cDNA

CAAGTCTATTAAGGTGGGAACTGTGCGTGAAAGTGTCCCCGTTAGAGGAGAAGAGCGTAGAACTCTAGAAGGAGAAGAAGGCGAAGAAGGAGATGGATCCAGACGCTTTGTCAAAGGCATTCGTAGAGCACTATTACTCGACCTTCGACACCAATCGGCCAGGCTTAGCCGGCTTGTACCAAGAGTCTTCCATGTTGACTTTCGAAGGCCAGAAAATTCAAGGCTCTCAGAACATCGTCAACAAGCTCACCTCTCTCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

372 bp · LXL04_013210|LXL04_013210|OH1004|CDS

ATGGATCCAGACGCTTTGTCAAAGGCATTCGTAGAGCACTATTACTCGACCTTCGACACCAATCGGCCAGGCTTAGCCGGCTTGTACCAAGAGTCTTCCATGTTGACTTTCGAAGGCCAGAAAATTCAAGGCTCTCAGAACATCGTCAACAAGCTCACCTCTCTCCCTTTCCAGCAGTGCAAGCATAGCATCACCACCGTCGATTGCCAACCTTCCGGTCCCGCTGGTGGTATGCTCGTGTTTGTGAGCGGTAATCTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

123 aa · LXL04_013210|LXL04_013210|OH1004|PROTEIN

MDPDALSKAFVEHYYSTFDTNRPGLAGLYQESSMLTFEGQKIQGSQNIVNKLTSLPFQQCKHSITTVDCQPSGPAGGMLVFVSGNLQLAGEQHALKFSQMFHLMPTPQGNFCVYNDIFRLNYA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013210`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013210

位置 Chr03:26022496-26023761 (-)

描述 Similar to NTF2B: Nuclear transport factor 2B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g27970`	促进蛋白质转运至细胞核。	Identification and characterization of the Arabidopsis orthologs of nuclear transport factor 2, the nuclear import factor of ran.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.075499
`At1g27310`	促进蛋白质转运至细胞核。	Identification and characterization of the Arabidopsis orthologs of nuclear transport factor 2, the nuclear import factor of ran.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.075499

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0532300`	促进蛋白质转运至细胞核。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013210 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0044613 nuclear pore central transport channel 细胞组分

GO:0031267 small GTPase binding 分子功能

GO:0061608 nuclear import signal receptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_ADR013W

ath:AT1G27310

ath:AT1G27970

dosa:Os08g0532300

kla:KLLA0_D13508g

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.696

排名 1 · LXL04_013210 · OH-1004

细胞核0.664

排名 2 · LXL04_013210 · OH-1004

线粒体0.093

排名 3 · LXL04_013210 · OH-1004

细胞膜0.075

排名 4 · LXL04_013210 · OH-1004

内质网0.063

排名 5 · LXL04_013210 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02136.27NTF27-120 aa

PF22602.3NXF_NTF27-37 aa

PF22602.3NXF_NTF243-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013210	`PF02136.27`	NTF2	7	120	1.9e-38	132.2
LXL04_013210	`PF22602.3`	NXF_NTF2	7	37	1.5e-14	55.1
LXL04_013210	`PF22602.3`	NXF_NTF2	43	118	1.5e-14	55.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7F5`	拟南芥	Nuclear transport factor 2B	89.431%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FZK4`	拟南芥	Nuclear transport factor 2A	86.992%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XJ54`	水稻	Nuclear transport factor 2	67.480%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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