LXL04_013175 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013175

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 25367672-25369714 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1962 bp · LXL04_013175|LXL04_013175|OH1004|cDNA

ATGGTCGCTGCTGCTTCTGCAGGAGCCACCGTCACTCACTTATCGCGCAGTAATCCTAACCTCGCTACTTTCTTCAATAAATACGTGGACACCGCCAATGTCTGGTCGTGGAATTCGGTCATCGCCGACCTTGCTCGCGCCGGTGAGTCCGTGGAGTCCCTTCTCGCCTTCTCCACCATGCGTAAGCTATCGCTTACCCCAAACCGCTCCACTTTCCCTTGCACCATCAAATCCTGCTCCGCCCTCTCTGATCTTCACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1962 bp · LXL04_013175|LXL04_013175|OH1004|CDS

ATGGTCGCTGCTGCTTCTGCAGGAGCCACCGTCACTCACTTATCGCGCAGTAATCCTAACCTCGCTACTTTCTTCAATAAATACGTGGACACCGCCAATGTCTGGTCGTGGAATTCGGTCATCGCCGACCTTGCTCGCGCCGGTGAGTCCGTGGAGTCCCTTCTCGCCTTCTCCACCATGCGTAAGCTATCGCTTACCCCAAACCGCTCCACTTTCCCTTGCACCATCAAATCCTGCTCCGCCCTCTCTGATCTTCACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

653 aa · LXL04_013175|LXL04_013175|OH1004|PROTEIN

MVAAASAGATVTHLSRSNPNLATFFNKYVDTANVWSWNSVIADLARAGESVESLLAFSTMRKLSLTPNRSTFPCTIKSCSALSDLHSGKQTHQQALVFGFHHDVFVSSALIDMYSKCGHLDDARNLFDESPLRNVVSWTSMITGYVQNGLPNDALSLFKDFLTEENISNNEDDNVCIDSVAMVSVLAACSSTSNKSITEGVHGVVVKKGFQENTKIGNTLVDAYAKCGQVAFSRKAFNEINNKDVTTWNSMIAVCAQSGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013175`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013175

位置 Chr03:25367672-25369714 (+)

描述 Similar to PCMP-H34: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26782`	含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g12770`	含有五肽重复序列的蛋白质At3g12770。	暂无已核实直接文献
`At1g08070`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	暂无已核实直接文献
`At4g33990`	含五肽重复的蛋白At4g33990。	暂无已核实直接文献
`At3g23330`	推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013175 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08070

ath:AT3G12770

ath:AT3G26782

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.588

排名 1 · LXL04_013175 · OH-1004

质体0.264

排名 2 · LXL04_013175 · OH-1004

细胞核0.054

排名 3 · LXL04_013175 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_013175 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_013175 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2133-160 aa

PF01535.27PPR136-160 aa

PF13041.13PPR_2243-293 aa

PF01535.27PPR247-273 aa

PF13041.13PPR_2346-393 aa

PF01535.27PPR349-377 aa

PF20431.5E_motif463-525 aa

PF14432.13DYW_deaminase561-653 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013175	`PF13041.13`	PPR_2	133	160	5.3e-43	145.6
LXL04_013175	`PF01535.27`	PPR	136	160	4.4e-53	174.6
LXL04_013175	`PF13041.13`	PPR_2	243	293	5.3e-43	145.6
LXL04_013175	`PF01535.27`	PPR	247	273	4.4e-53	174.6
LXL04_013175	`PF13041.13`	PPR_2	346	393	5.3e-43	145.6
LXL04_013175	`PF01535.27`	PPR	349	377	4.4e-53	174.6
LXL04_013175	`PF20431.5`	E_motif	463	525	2e-24	86.3
LXL04_013175	`PF14432.13`	DYW_deaminase	561	653	1.2e-37	128.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LW32`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial	62.074%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LTV8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g12770	39.450%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LN01`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic	40.644%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81767`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990	40.388%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LW63`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330	38.462%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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