LXL04_013123 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013123

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 24443579-24459082 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1698 bp · LXL04_013123|LXL04_013123|OH1004|cDNA

ATGGGAGACGTTGTGTCCGGTAAGAATCTGATACCGGATAGTTTTCCGGGGGCATCGGTGGACTTGGCGGCGCAAATTGGGCTGTTATGGGACCTAATTAAGGCGCCATTGATCGTGCCATTGTTGAGATTGGCTGTTTATATCTGTTTGGCGATGACGGTGATGCTGTTTCTCGAAAGACTTTACATGGGTATTGTAATTGTCCTCGTTAAGCTGTTTTGGAAAAAGCCCGAGAAGCGATACAATTGGGAACCCATTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1698 bp · LXL04_013123|LXL04_013123|OH1004|CDS

ATGGGAGACGTTGTGTCCGGTAAGAATCTGATACCGGATAGTTTTCCGGGGGCATCGGTGGACTTGGCGGCGCAAATTGGGCTGTTATGGGACCTAATTAAGGCGCCATTGATCGTGCCATTGTTGAGATTGGCTGTTTATATCTGTTTGGCGATGACGGTGATGCTGTTTCTCGAAAGACTTTACATGGGTATTGTAATTGTCCTCGTTAAGCTGTTTTGGAAAAAGCCCGAGAAGCGATACAATTGGGAACCCATTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

565 aa · LXL04_013123|LXL04_013123|OH1004|PROTEIN

MGDVVSGKNLIPDSFPGASVDLAAQIGLLWDLIKAPLIVPLLRLAVYICLAMTVMLFLERLYMGIVIVLVKLFWKKPEKRYNWEPIRDDLEIGNSAFPLVLIQIPMFNEKEVYKISIGAACNLSWPSDRLVIQVLDDSTDFVIKDMIEKECQRWASKGVNIRYQIRESRGGYKAGALKEGLKHDYVKDCEYVTIFDADFRPEPDFLRRAIPFLEFNPQIALVQARWRFVNSDECLLTRMQEMSLDYHFTVEQEVGSATHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013123`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013123

位置 Chr03:24443579-24459082 (-)

描述 Similar to CSLA2: Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22740`	具有体外葡甘露聚糖合酶和甘露聚糖合酶活性。	暂无已核实直接文献
`At5g03760`	具有体外葡甘露聚糖合酶和甘露聚糖合酶活性。	Agrobacterium-mediated root transformation is inhibited by mutation of an Arabidopsis cellulose synthase-like gene.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.030726
`At1g23480`	可能的甘露聚糖合酶，具有使用GDP-甘露糖进行甘露聚糖4-β-甘露糖基转移酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0625700`	可能的甘露聚糖合酶，具有使用GDP-甘露糖进行甘露聚糖4-β-甘露糖基转移酶活性。	暂无已核实直接文献
`Os02g0192500`	具有体外葡甘露聚糖合酶和甘露聚糖合酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013123 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0047259 glucomannan 4-beta-mannosyltransferase activity 分子功能

GO:0051753 mannan synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23480

ath:AT5G03760

ath:AT5G22740

dosa:Os02g0192500

dosa:Os06g0625700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.376

排名 1 · LXL04_013123 · OH-1004

高尔基体0.345

排名 2 · LXL04_013123 · OH-1004

细胞膜0.188

排名 3 · LXL04_013123 · OH-1004

细胞质0.104

排名 4 · LXL04_013123 · OH-1004

溶酶体／液泡0.061

排名 5 · LXL04_013123 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13641.13Glyco_tranf_2_3100-333 aa

PF00535.33Glycos_transf_2104-261 aa

PF13632.13Glyco_trans_2_3191-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013123	`PF13641.13`	Glyco_tranf_2_3	100	333	7.8e-16	59.2
LXL04_013123	`PF00535.33`	Glycos_transf_2	104	261	7.6e-11	42.9
LXL04_013123	`PF13632.13`	Glyco_trans_2_3	191	387	6.1e-24	85.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNI7`	拟南芥	Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 2	77.905%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZR3`	拟南芥	Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9	71.673%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LQC9`	拟南芥	Probable glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 3	60.646%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67VS7`	水稻	Probable glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9	68.665%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7PC76`	水稻	Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 1	71.032%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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