LXL04_013079 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013079

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 23602711-23606578 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2605 bp · LXL04_013079|LXL04_013079|OH1004|cDNA

GGAGAAGGAAACCCAATTTCACACGGTAAGTGGGTAGGCGTAGGTCCCTTCTCCATAAATTGTTACCCAAGACACTCGCATTCTTCATCTTCTCGTCGTTCTCCATCACAACTTCCGGTTTACTCTCCAAATCGGAGTATACAATCCACCGTCGTTCGCCATGAGCAACCAACCGGAATCTTCTTCTTCCGAGCCGAAAGGTAACCCTCCGGCGAAAAAGGACTTTTCAACTGCTATCTTGGAGCGCAAGAAGTCTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2445 bp · LXL04_013079|LXL04_013079|OH1004|CDS

ATGAGCAACCAACCGGAATCTTCTTCTTCCGAGCCGAAAGGTAACCCTCCGGCGAAAAAGGACTTTTCAACTGCTATCTTGGAGCGCAAGAAGTCTCCAAATCGGCTTGTTGTTGATGAAGCTGTCAATGACGATAACTCCGTCGTCGCTATGCACCCTACCACGATGGAAAAATTGCAGCTTTTCCGTGGTGATACCATACTGATCAAGGGGAAGAAAAGAAAAGACACAGTCTGTATAGCTCTTGCTGATGAAACATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

814 aa · LXL04_013079|LXL04_013079|OH1004|PROTEIN

MSNQPESSSSEPKGNPPAKKDFSTAILERKKSPNRLVVDEAVNDDNSVVAMHPTTMEKLQLFRGDTILIKGKKRKDTVCIALADETCDEPKIRMNKVIRTNLRIRLGDVVSVHQCPDVKYGKRIHVLPLDDTIEGVTGDLFDAYLKPYFLEAYRPVRKGDHFLVRGGMRSVEFKVIETDPGEYCVVAPDTEIFCEGEPIKRDDEDRLDEVGYDDVGGVRKQMAQIRELVELPLRHPQLFKSIGVKPPKGILLYGPPGSGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013079`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013079

位置 Chr03:23602711-23606578 (-)

描述 Similar to CAFP: Cell division cycle protein 48 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03340`	可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。	暂无已核实直接文献
`At3g53230`	可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。	暂无已核实直接文献
`At3g09840`	可能在细胞分裂和生长过程中发挥作用（可能）。	Ubiquitin-dependent chloroplast-associated protein degradation in plants.2019 · DOI: 10.1126/science.aav4467 The CDC48 complex mediates ubiquitin-dependent degradation of intra-chloroplast proteins in plants.2022 · DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110664

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013079 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0030162 regulation of proteolysis 生物过程

GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0051228 mitotic spindle disassembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09840

ath:AT3G53230

ath:AT5G03340

cann:107847567

gmx:547850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.611

排名 1 · LXL04_013079 · OH-1004

细胞核0.380

排名 2 · LXL04_013079 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 3 · LXL04_013079 · OH-1004

内质网0.075

排名 4 · LXL04_013079 · OH-1004

溶酶体／液泡0.051

排名 5 · LXL04_013079 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02359.25CDC48_N35-116 aa

PF02933.24CDC48_2136-200 aa

PF13191.13AAA_16247-349 aa

PF05496.19RuvB_N249-323 aa

PF13173.13AAA_14249-354 aa

PF00004.36AAA250-379 aa

PF13671.13AAA_33250-322 aa

PF07724.21AAA_2250-343 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013079	`PF02359.25`	CDC48_N	35	116	1.6e-23	83.4
LXL04_013079	`PF02933.24`	CDC48_2	136	200	3.1e-11	43.4
LXL04_013079	`PF13191.13`	AAA_16	247	349	3e-11	44.8
LXL04_013079	`PF05496.19`	RuvB_N	249	323	6.2e-14	52.8
LXL04_013079	`PF13173.13`	AAA_14	249	354	1.5e-09	38.7
LXL04_013079	`PF00004.36`	AAA	250	379	7.7e-98	324.7
LXL04_013079	`PF13671.13`	AAA_33	250	322	5.2e-11	43.7
LXL04_013079	`PF07724.21`	AAA_2	250	343	1.8e-10	41.8
LXL04_013079	`PF07728.21`	AAA_5	250	368	4.5e-10	40.4
LXL04_013079	`PF17862.8`	AAA_lid_3	402	443	8.6e-31	105.8
LXL04_013079	`PF05496.19`	RuvB_N	521	556	6.2e-14	52.8
LXL04_013079	`PF13191.13`	AAA_16	521	629	3e-11	44.8
LXL04_013079	`PF00004.36`	AAA	523	656	7.7e-98	324.7
LXL04_013079	`PF17862.8`	AAA_lid_3	678	717	8.6e-31	105.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZF6`	拟南芥	Cell division control protein 48 homolog E	91.191%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCN8`	拟南芥	Cell division control protein 48 homolog D	89.538%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P54609`	拟南芥	Cell division control protein 48 homolog A	90.411%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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