LXL04_013078 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013078

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 23599346-23601940 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2595 bp · LXL04_013078|LXL04_013078|OH1004|cDNA

ATGTTACTCCAAAAAACTCTCCAAAACCTCAGGAGTATCAAGAAGTTTGGCAACCTTCCGACCACCACCCAAGCTGCCACCCAAACTGCCCGGCAAATTGCTGAGGTTATCATCTCCTCCGCCTCTCAAACACCCACAACCACTGAAGCCCCTGCTGCCCTTCTGTCCACCCTTACTCCCGAGATAGTCAAATCGGTTCTCTCAGACCAGTGTATAAAGACTAAAGACTGCCTATCGTTCTTCGACGTCATCTCCAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2595 bp · LXL04_013078|LXL04_013078|OH1004|CDS

ATGTTACTCCAAAAAACTCTCCAAAACCTCAGGAGTATCAAGAAGTTTGGCAACCTTCCGACCACCACCCAAGCTGCCACCCAAACTGCCCGGCAAATTGCTGAGGTTATCATCTCCTCCGCCTCTCAAACACCCACAACCACTGAAGCCCCTGCTGCCCTTCTGTCCACCCTTACTCCCGAGATAGTCAAATCGGTTCTCTCAGACCAGTGTATAAAGACTAAAGACTGCCTATCGTTCTTCGACGTCATCTCCAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

864 aa · LXL04_013078|LXL04_013078|OH1004|PROTEIN

MLLQKTLQNLRSIKKFGNLPTTTQAATQTARQIAEVIISSASQTPTTTEAPAALLSTLTPEIVKSVLSDQCIKTKDCLSFFDVISKNTSLIPFTIQVEHYVKIIYRAIKSRRLEEAESLLNTVANDGNLRCTFSHLVALAESQGFDSKNSSKILNLILKVYSDNGKFVAAFETFNYMRNNVIAIDERLCSIYLITLLKYDLELGLVFFYKMVDSGIDVWVVIDGLCQNGEIQTARQLLEAVCKSVKPNMVTFNTLVDSCC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013078`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013078

位置 Chr03:23599346-23601940 (-)

描述 Similar to At2g28050: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g28050

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28050`	含五十二肽重复的蛋白At2g28050。	暂无已核实直接文献
`At2g32630`	含五肽重复序列的蛋白At2g32630。	暂无已核实直接文献
`At5g61990`	含五重复肽序列蛋白 At5g61990，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g19290`	推测含五肽重复的蛋白 At1g19290。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013078 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0090617 mitochondrial mRNA 5'-end processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28050

ath:AT2G32630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.569

排名 1 · LXL04_013078 · OH-1004

质体0.165

排名 2 · LXL04_013078 · OH-1004

细胞质0.151

排名 3 · LXL04_013078 · OH-1004

细胞核0.071

排名 4 · LXL04_013078 · OH-1004

过氧化物酶体0.026

排名 5 · LXL04_013078 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2221-261 aa

PF29070.1MSC6_N228-379 aa

PF13812.13PPR_3239-292 aa

PF12854.14PPR_1244-267 aa

PF13041.13PPR_2247-294 aa

PF01535.27PPR250-280 aa

PF17177.11PPR_long252-405 aa

PF12854.14PPR_1279-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013078	`PF13041.13`	PPR_2	221	261	8.6e-85	279.4
LXL04_013078	`PF29070.1`	MSC6_N	228	379	2.2e-25	90.3
LXL04_013078	`PF13812.13`	PPR_3	239	292	4.3e-43	145.9
LXL04_013078	`PF12854.14`	PPR_1	244	267	4.4e-67	222.2
LXL04_013078	`PF13041.13`	PPR_2	247	294	8.6e-85	279.4
LXL04_013078	`PF01535.27`	PPR	250	280	1.2e-63	207.7
LXL04_013078	`PF17177.11`	PPR_long	252	405	1.7e-17	64.2
LXL04_013078	`PF12854.14`	PPR_1	279	310	4.4e-67	222.2
LXL04_013078	`PF13812.13`	PPR_3	305	359	4.3e-43	145.9
LXL04_013078	`PF23276.3`	TPR_24	306	409	9e-31	107.3
LXL04_013078	`PF13041.13`	PPR_2	321	365	8.6e-85	279.4
LXL04_013078	`PF13041.13`	PPR_2	543	583	8.6e-85	279.4
LXL04_013078	`PF13812.13`	PPR_3	598	658	4.3e-43	145.9
LXL04_013078	`PF12854.14`	PPR_1	606	634	4.4e-67	222.2
LXL04_013078	`PF13041.13`	PPR_2	610	657	8.6e-85	279.4
LXL04_013078	`PF29070.1`	MSC6_N	639	774	2.2e-25	90.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUU7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g28050	37.587%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8S8P6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g32630	31.868%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial	23.099%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LN69`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g19290	23.775%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	23.750%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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