LXL04_013020 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013020

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 22432731-22435369 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · LXL04_013020|LXL04_013020|OH1004|cDNA

ATGATGCACAGACTTGTGAGATCAAGGTCTATAGCGGCATTAGTATCAGCATCAAAACCTTCCTCCCAACATCGAGGCGGGGTTGCGGCGTTGTTTTCAACTTCTATGCTGTTCGATGATACCCAAATACAGTTCAAAGAAAGCGTTGCTCAATTTGCCCAAGAACATATTGCTCCTCATGCCTCAAAAATAGACACTGCAAATAATTTCCCACAGGAAGTCAACTTATGGAAACTAATGGGAGACTTCAATCTCCATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · LXL04_013020|LXL04_013020|OH1004|CDS

ATGATGCACAGACTTGTGAGATCAAGGTCTATAGCGGCATTAGTATCAGCATCAAAACCTTCCTCCCAACATCGAGGCGGGGTTGCGGCGTTGTTTTCAACTTCTATGCTGTTCGATGATACCCAAATACAGTTCAAAGAAAGCGTTGCTCAATTTGCCCAAGAACATATTGCTCCTCATGCCTCAAAAATAGACACTGCAAATAATTTCCCACAGGAAGTCAACTTATGGAAACTAATGGGAGACTTCAATCTCCATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · LXL04_013020|LXL04_013020|OH1004|PROTEIN

MMHRLVRSRSIAALVSASKPSSQHRGGVAALFSTSMLFDDTQIQFKESVAQFAQEHIAPHASKIDTANNFPQEVNLWKLMGDFNLHGITAPVEYGGLGLGYLYHCIAMEEVSRASGSVGLSFGAHSNLCINQLVRNGNAAQKEKYLPKLISGEHVGALAMSEPNAGSDVVGMKCKAERVEGGYVLNGNKMWCTNGPIAQTLVVYAKTDIAARSKGITAFIIEKGMAGFSTAQKLDKLGMRGSDTCELVFDNCFVPNENVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013020`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013020

位置 Chr03:22432731-22435369 (+)

描述 Similar to 2MBCD: 2-methylacyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45300`	在黑暗诱导的糖饥饿期间，参与支链氨基酸、植醇和赖氨酸降解，为ETF/ETFQO复合物提供碳和电子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0125500`	线粒体异戊酰辅酶A脱氢酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013020 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006552 L-leucine catabolic process 生物过程

GO:0009083 branched-chain amino acid catabolic process 生物过程

GO:0010230 alternative respiration 生物过程

GO:0033539 fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase 生物过程

GO:1902190 2-methylbutanoyl-CoA(4-) catabolic process 生物过程

GO:1902192 2-methylbut-2-enoyl-CoA(4-) metabolic process 生物过程

GO:1902196 isovaleryl-CoA(4-) catabolic process 生物过程

GO:1902198 3-methylbut-2-enoyl-CoA(4-) metabolic process 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45300

dosa:Os05g0125500

mmu:56357

sot:102589539

sot:102601763

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.899

排名 1 · LXL04_013020 · OH-1004

细胞质0.058

排名 2 · LXL04_013020 · OH-1004

细胞核0.029

排名 3 · LXL04_013020 · OH-1004

质体0.027

排名 4 · LXL04_013020 · OH-1004

过氧化物酶体0.019

排名 5 · LXL04_013020 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02771.22Acyl-CoA_dh_N40-153 aa

PF02770.25Acyl-CoA_dh_M157-252 aa

PF00441.30Acyl-CoA_dh_1264-412 aa

PF08028.17Acyl-CoA_dh_2285-395 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013020	`PF02771.22`	Acyl-CoA_dh_N	40	153	2.5e-37	128.4
LXL04_013020	`PF02770.25`	Acyl-CoA_dh_M	157	252	9.2e-26	90.6
LXL04_013020	`PF00441.30`	Acyl-CoA_dh_1	264	412	1.4e-42	146.0
LXL04_013020	`PF08028.17`	Acyl-CoA_dh_2	285	395	4.5e-12	47.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SWG0`	拟南芥	Isovaleryl-CoA dehydrogenase, mitochondrial	85.185%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75IM9`	水稻	Isovaleryl-CoA dehydrogenase, mitochondrial	84.896%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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